PDB-3wgi: Crystal structure of RSP in complex with beta-NAD+ and operator DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wgi

タイトル

Crystal structure of RSP in complex with beta-NAD+ and operator DNA

要素

DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Redox-sensing transcriptional repressor rex

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA /

winged helix /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) / transcription repressor / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to redox state / DNA-binding transcription factor activity /

nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Distinct structural features of Rex-family repressors to sense redox levels in anaerobes and aerobes.
著者: Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Sun, H. / Huang, C.-H. / Pei, J. / Qiu, R. / Wang, A.H.-J. / Wiegel, J. / Shao, W. / Guo, R.-T.

履歴

登録	2013年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wgi.cif.gz	468 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wgi.ent.gz	384.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/3wgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/3wgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wg9C 3wghSC 3wgg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pel-2 6smp-2 6hk6-1 4s3r-d 5j1t-d 5aup-d 6bkg-d 1gk9-d 1jw0-d 6hk6-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
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インテグラーゼ (Integrase)
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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor rex

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor rex

E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

G: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

134 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor rex

E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor rex

G: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.990, 116.439, 132.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	A	A	4 - 120	4 - 120
2	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	B	B	4 - 120	4 - 120
3	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	C	C	4 - 120	4 - 120
4	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	D	D	4 - 120	4 - 120
1	2	1	LEU	LEU	NAJ	NAJ	A	A - I	122 - 900	122
2	2	1	LEU	LEU	NAJ	NAJ	B	B - J	122 - 900	122
3	2	1	LEU	LEU	NAJ	NAJ	C	C - K	122 - 900	122
4	2	1	LEU	LEU	NAJ	NAJ	D	D - L	122 - 900	122
1	1	2	DT	DT	DC	DC	E	E	299 - 322	1 - 24
2	1	2	DT	DT	DC	DC	F	F	299 - 322	1 - 24
3	1	2	DT	DT	DC	DC	G	G	299 - 322	1 - 24
4	1	2	DT	DT	DC	DC	H	H	299 - 322	1 - 24

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Redox-sensing transcriptional repressor rex / RSP repressor 分子量: 25474.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア) 株: JW200 / 遺伝子: rex, rsp / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5KM69
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPAPGPAPTPTPGPTPTPAPAPTPCPGPAPTPTPAPAPCPAPAPTPC)-3') 分子量: 7366.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: operator DNA
#3: 化合物	ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂
配列の詳細	SEQUENCE OF THE DNA IS AN AVERAGE OF THE REAL SEQUENCE OF TAGATTGTTAAATGAATAACAATC AND ...SEQUENCE OF THE DNA IS AN AVERAGE OF THE REAL SEQUENCE OF TAGATTGTTAAATGAATAACAATC AND TAGATTGTTATTCATTTAACAATC USED IN CRYSTALLIZATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.39mM RSP protein, 0.21mM of each DNA oligonucleotide, 1mM beta-NAD+, 0.2M sodium malonate, 20% w/v PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→25 Å / Num. all: 24010 / Num. obs: 23962 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Control Software	データ収集
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 3WGH

3wgh

解像度: 3.25→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 57.161 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.49 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22833	1105	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19337	-	-	-
obs	0.19508	22664	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 126.468 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.52 Å	0.38 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.81 Å	0.61 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6960	1956	176	0	9092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	2.258	13196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.616	5	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.928	24.419	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.561	15	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.709	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.085	1.5	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.113	2	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.118	3	5160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.617	4.5	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1773	tight positional	0.09	0.05
1	2	B	1773	tight positional	0.1	0.05
1	3	C	1773	tight positional	0.09	0.05
1	4	D	1773	tight positional	0.09	0.05
2	1	E	489	tight positional	0.07	0.05
2	2	F	489	tight positional	0.06	0.05
2	3	G	489	tight positional	0.05	0.05
2	4	H	489	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1773	tight thermal	0.17	0.5
1	2	B	1773	tight thermal	0.16	0.5
1	3	C	1773	tight thermal	0.16	0.5
1	4	D	1773	tight thermal	0.15	0.5
2	1	E	489	tight thermal	0.1	0.5
2	2	F	489	tight thermal	0.11	0.5
2	3	G	489	tight thermal	0.08	0.5
2	4	H	489	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.253→3.426 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	158	-
R_work	0.309	2789	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9759	0.8132	0.1816	0.6006	0.388	-0.0584	-0.0032	0.0677	0.0934	-0.1333	0.0369	0.297	0.1071	-0.1596	-0.0337	0.1364	0.0313	-0.0009	0.1819	0.011	0.145	66.3839	-12.5843	14.2149
2	1.4619	-0.2234	0.3261	0.6219	-0.1115	0.6566	-0.0068	0.2393	0.0691	-0.1816	0.0001	0.0576	0.0339	0.0723	0.0067	0.1875	0.0343	-0.0036	0.1686	0.0218	0.1091	71.3103	-6.2203	1.1399
3	1.6033	0.1728	0.1303	0.5601	0.131	0.6558	-0.0342	-0.2876	-0.1418	0.1569	-0.0218	-0.3737	-0.0272	0.1119	0.056	0.1985	0.0186	-0.0792	0.2533	0.0398	0.27	18.2773	-14.9649	24.9021
4	0.6423	0.0138	-0.6325	0.8973	0.4098	1.3435	0.0317	-0.127	-0.0947	-0.0218	-0.0552	-0.3844	-0.194	0.0002	0.0235	0.2274	0.0102	-0.0212	0.1869	-0.0244	0.2943	21.3716	-4.6773	13.885
5	0.3683	-0.1519	0.0327	-0.0223	-0.6433	-1.522	0.2765	0.1143	0.3316	-0.1192	0.0888	0.2708	-0.4039	-0.0235	-0.3654	0.3107	0.4034	-0.1114	0.1096	-0.1615	0.0715	65.9614	15.2628	20.851
6	0.3553	-0.8735	0.1733	-1.0466	0.2706	0.9529	-0.0913	0.0432	0.6803	0.2816	0.1582	0.3237	-0.4148	-0.5192	-0.0668	0.3705	0.2512	-0.2396	0.0122	-0.0942	0.2562	60.6175	16.4502	14.9198
7	2.1624	-1.9713	0.2514	2.7517	-0.5647	-0.0002	-0.0327	-0.8498	0.1998	0.3722	0.2338	-0.5091	-0.7039	0.2456	-0.2011	0.4797	-0.0471	-0.3108	0.4825	-0.3073	0.1452	27.6234	7.2975	40.3006
8	5.431	-2.3597	3.8898	0.106	-2.3124	4.3194	-0.0368	-0.8131	0.5428	0.6909	-0.0719	-0.4259	-0.7352	-0.1476	0.1087	0.5384	0.0719	-0.3175	0.3615	-0.3049	0.2245	21.5134	11.6836	37.366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	900
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	900
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	900
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	900
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	299 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	6	F	299 - 322
11	X-RAY DIFFRACTION	7	G	299 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	8	H	299 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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