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Yorodumi- PDB-6smp: AntDE:AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6smp | ||||||
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Title | AntDE:AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein in complex with its ketosynthase bound to the hexaketide | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Natural Product Biosynthesis / Polyketides / Minimal PKS System / Anthraquinone / Chain Elongation / Catalysis | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Photorhabdus luminescens (bacteria) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem. / Year: 2020 Title: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis. Authors: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6smp.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6smp.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6smp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6smp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6smp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 6smp_validation.xml.gz | 110.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6smp_validation.cif.gz | 147.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/6smp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/6smp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6sm4C 6sm6C 6smdC 6smoSC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10850.877 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus luminescens (bacteria) / Gene: C6H68_21855 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2S8QL96, UniProt: Q7MZT5*PLUS #2: Protein | Mass: 47350.023 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (bacteria) Strain: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / Gene: plu4191 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q7MZT3 #3: Protein | Mass: 40787.746 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (bacteria) Strain: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / Gene: plu4190 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q7MZT4 #4: Chemical | ChemComp-LLE / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.5 M (NH4)2SO4, 30% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 92717 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8962 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6SMO Resolution: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 44.249 / SU ML: 0.357 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.74 Å2 / Biso mean: 61.457 Å2 / Biso min: 24.64 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.972 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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