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- PDB-3w68: Crystal structure of mouse alpha-tocopherol transfer protein in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w68
タイトルCrystal structure of mouse alpha-tocopherol transfer protein in complex with alpha-tocopherol and phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate
要素Alpha-tocopherol transfer protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ataxia (失調) / Vitamin E deficiency / AVED / Transfer protein / Tocopherol / Vitamin E (ビタミンE) / Disease mutation / alpha-tocopherol transfer / alpha-tocopherol / phosphatidyl inositol phosphates
機能・相同性
機能・相同性情報


ビタミンE / vitamin E binding / intracellular pH reduction / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin binding / vitamin transport / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / intermembrane lipid transfer / positive regulation of amyloid-beta clearance ...ビタミンE / vitamin E binding / intracellular pH reduction / vitamin E metabolic process / lipid transfer activity / vitamin binding / vitamin transport / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / intermembrane lipid transfer / positive regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / response to pH / phosphatidylinositol bisphosphate binding / embryonic placenta development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / placenta development / response to toxic substance / late endosome / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-tocopherol transfer / N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. ...Alpha-tocopherol transfer / N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4PT / Chem-PBU / リン酸塩 / Chem-VIV / Alpha-tocopherol transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ohto, U. / Satow, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Impaired alpha-TTP-PIPs interaction underlies familial vitamin E deficiency
著者: Kono, N. / Ohto, U. / Hiramatsu, T. / Urabe, M. / Uchida, Y. / Satow, Y. / Arai, H.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-tocopherol transfer protein
B: Alpha-tocopherol transfer protein
C: Alpha-tocopherol transfer protein
D: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,38316
ポリマ－122,4974
非ポリマー4,88612
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4884
ポリマ－30,6241
非ポリマー1,8633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4064
ポリマ－30,6241
非ポリマー1,7813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3405
ポリマ－30,6241
非ポリマー7164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Alpha-tocopherol transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1503
ポリマ－30,6241
非ポリマー5262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.977, 69.620, 87.097
Angle α, β, γ (deg.)100.88, 109.45, 100.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha-tocopherol transfer protein / Alpha-TTP


分子量: 30624.289 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttpa / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8BWP5

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物
ChemComp-VIV / (2R)-2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-[(4R,8R)-4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL]CHROMAN-6-OL / α-トコフェロ-ル / Α-Tocopherol


分子量: 430.706 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50O2
#3: 化合物 ChemComp-4PT / (2R)-3-{[(S)-{[(2S,3R,5S,6S)-2,6-DIHYDROXY-3,4,5-TRIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-(1-HYDROXY BUTOXY)PROPYL BUTYRATE / DIC4-PHOSPHATIDYLINOSITOL(3,4,5)TRISPHOSPHATE


分子量: 716.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O22P4
#4: 化合物 ChemComp-PBU / (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE / di-butanoyl L-alpha-phosphatidyl-D-myo-inositol 4,5-bisphosphate / di-C4-PIP2


分子量: 634.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33O19P3
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 4-7%(w/v) PEG3350, 15%(w/v) MPD, 85mM NaCl, 85mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 75088 / Rsym value: 0.065

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R5L

1r5l


解像度: 2.05→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.132 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23128 3771 5 %RANDOM
Rwork0.19888 ---
obs0.20055 71243 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.19 Å2-0.32 Å2
2--0.15 Å2-0.06 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8230 0 255 247 8732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9911802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.21351003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45622.682399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.629151489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3681576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.771.55036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42728171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97633658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1914.53631
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.099 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 262 -
Rwork0.267 5172 -
obs--96.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6690.79231.40061.6820.49035.3193-0.7072-0.34210.16920.4101-0.0294-0.2779-0.57630.16730.73660.46450.0907-0.21770.1848-0.00590.18527.6664.32915.747
21.3518-0.10640.24451.7602-0.34991.2081-0.17770.14760.04360.12450.0111-0.0518-0.0978-0.02150.16660.09130.0091-0.04060.2029-0.00790.054-1.174-2.402-4.873
30.77940.32591.71444.63272.47315.10540.205-0.35920.0480.7033-0.32330.47140.5469-0.55960.11830.246-0.17320.13320.317-0.10150.097522.704-21.56225.54
41.65080.7021-0.04871.63110.31252.45920.1004-0.0428-0.13630.1188-0.0677-0.01070.52640.0528-0.03270.21180.0227-0.04220.056-0.01420.111831.189-29.2085.283
58.2675.14214.10273.28573.968335.61971.14230.0085-2.650.45-0.0619-1.7598-1.01240.7292-1.08041.97480.02290.55521.43280.31711.404314.641-43.592-55.295
61.1450.0317-0.44041.6319-0.09943.2084-0.19250.1011-0.0930.01630.0230.0985-0.4256-0.13860.16950.2167-0.0234-0.06980.11730.00160.062.94-41.576-29.69
76.05830.198211.06830.01410.384320.7324-0.03330.96740.5162-0.0258-0.14-0.08870.70361.02050.17341.1585-0.568-0.02791.8140.32151.722321.249-21.067-59.809
83.2975-0.9109-0.16811.99620.07645.03050.52410.63210.3136-0.31460.0101-0.02560.24650.1676-0.53430.1793-0.0422-0.01460.4290.10760.099728.877-12.517-36.286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2A84 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3B23 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4B88 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5C26 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6C39 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7D25 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8D47 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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