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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w18 | ||||||
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タイトル | Structure of Aurora kinase A complexed to benzoimidazole-indazole inhibitor XIII | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of mitotic nuclear division / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / 紡錘体 / spindle / 動原体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Oliveira, T.M. / Kairies, N.A. / Engh, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Flexibility and multiple conformations of the activation and glycine rich loops of Aurora A accompanying inhibitor binding 著者: Oliveira, T.M. / Kairies, N.A. / Engh, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3w18.cif.gz | 110.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3w18.ent.gz | 85.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3w18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 126 - 388 / Label seq-ID: 1 - 263
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32214.906 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain, UNP RESIDUES 126-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 76 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.488 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→19.17 Å / Num. all: 18777 / Num. obs: 15100 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 12.193 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.73 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.925 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.17 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1884 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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