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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v7v | ||||||
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タイトル | Thaumatin by Classical Hanging Drop Vapour Diffusion after 1.81 MGy X-Ray dose at ESRF ID29 beamline (Best Case) | ||||||
要素 | Thaumatin Iソーマチン | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / radiation damage / thin film (薄膜) / Langmuir-Blodgett / LB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thaumatococcus daniellii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Belmonte, L. / Scudieri, D. / Tripathi, S. / Pechkova, E. / Nicolini, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: CRIT.REV.EUKARYOT.GENE EXPR. / 年: 2012 タイトル: Langmuir-Blodgett nanotemplate and radiation resistance in protein crystals: state of the art. 著者: Belmonte, L. / Pechkova, E. / Tripathi, S. / Scudieri, D. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v7v.cif.gz | 56.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v7v.ent.gz | 39.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3v82C 3v84C 3v87C 3v88C 3v8aC 3vceC 3vcgC 3vchC 3vciC 3vcjC 3vckC 3aldS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: Q8RVT0, UniProt: P02883*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6 uL protein solution containing 18 mg/mL thaumatin in 100 mM ADA disodium salt buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97633 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97633 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→53.997 Å / Num. all: 12015 / Num. obs: 11842 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 14.5 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 40.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ALD 解像度: 2.3→53.997 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.663 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.0765 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.997 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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