PDB-3ukp: Crystal structure of R327A UDP-galactopyranose mutase from Asperg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ukp

タイトル

Crystal structure of R327A UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus fumigatus in complex with UDPgalp

要素

UDP-galactopyranose mutase

UDP-ガラクトピラノースムターゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-ガラクトピラノースムターゼ /

UDP-galactopyranose mutase activity /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Unique Substrate Binding Mechanism and Flavin Redox State of UDP-galactopyranose Mutase from Aspergillus fumigatus.
著者: van Straaten, K.E. / Routier, F.H. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2011年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ukp.cif.gz	796.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ukp.ent.gz	665 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ukp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ukaC 3ukfC 3ukhC 3ukkC 3uklC 3ukqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ukf-1 3utf-d 3uth-d 3ukf-2 5hhf-d 3ukl-1 3utg-d 4u8p-d 4u8k-d 1716 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

464 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

E: UDP-galactopyranose mutase

G: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

F: UDP-galactopyranose mutase

H: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.600, 175.710, 135.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	1	chain B and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
3	1	1	chain C and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
4	1	1	chain D and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
1	1	2	chain E and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	2	chain F and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
1	1	3	chain G and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	3	chain H and (resseq 2:357 or resseq 360: 511 ) and (not element H) and (not element D)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999891, 0.005584, -0.013692), (-0.007165, 0.992957, -0.118259), (0.012935, 0.118344, 0.992888)	1.3372, 1.89876, -78.0662
2	given	(-0.999166, -0.002086, -0.040785), (0.007322, -0.991661, -0.128663), (-0.040176, -0.128855, 0.990849)	68.323898, 159.473007, 11.9035
3	given	(-0.999705, 0.005893, -0.023577), (-0.005494, -0.999841, -0.016971), (-0.023673, -0.016837, 0.999578)	67.9328, 169.248001, -65.153603
4	given	(0.999789, 0.011689, -0.016909), (-0.012412, 0.998987, -0.043248), (0.016387, 0.043449, 0.998921)	1.47464, -9.98436, -73.400703
5	given	(0.99955, -0.020648, -0.021744), (0.019253, 0.997858, -0.062516), (0.022988, 0.062069, 0.997807)	5.17333, -8.42968, -73.988998

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase / UDP-ガラクトピラノースムターゼ分子量: 56742.035 Da / 分子数: 8 / 変異: R327A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 株: CBS 144-89 / 遺伝子: glf, glfA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-ガラクトピラノースムターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 8.5 詳細: 0.1M Bis-Tris- propane pH 7.5-8.5, 0.1-0.2M sodium citrate, 15-20% PEG 3350, micro batch, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9798 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: collimating mirror

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.479

反射

解像度: 3.1→34.77 Å / Num. obs: 105656 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.38 % / R_merge(I) obs: 0.238 / R_sym value: 0.238 / Net I/σ(I): 3.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.21	3.43	0.63	1.7	1	98.1
3.21-3.34	3.42	0.566	2	1	97.9
3.34-3.49	3.41	0.493	2.3	1	97.5
3.49-3.67	3.38	0.427	2.7	1	97.4
3.67-3.9	3.35	0.353	3.1	1	97.1
3.9-4.21	3.32	0.307	3.5	1	96.6
4.21-4.63	3.31	0.251	4.1	1	95.9
4.63-5.3	3.35	0.229	4.4	1	95.4
5.3-6.66	3.43	0.224	4.5	1	95.2
6.66-34.77	3.36	0.114	7	1	91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.9.8.0L	データ削減
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: reduced AfUGM:UDPgalp complex

解像度: 3.1→34.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	5435	5.15 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.206	105627	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.38 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.0828 Å²	-0 Å²	3.9557 Å²
2-	-	-19.7586 Å²	0 Å²
3-	-	-	25.8414 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31920	0	640	0	32560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	33404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	45524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.859	12478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	4926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5822

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.15
1	3	C	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.131
1	4	D	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.116
2	1	E	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.167
3	1	G	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	H	3975	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.1535	0.3207	273	0.2616	5092	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1535-3.2108	0.3302	319	0.2563	5075	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2108-3.2724	0.3173	296	0.2433	5011	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2724-3.3392	0.2881	252	0.2326	5130	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3392-3.4117	0.2816	258	0.2385	5134	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4117-3.4909	0.2755	240	0.2263	5010	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4909-3.5781	0.2816	292	0.2212	5049	X-RAY DIFFRACTION	92
3.5781-3.6747	0.2649	265	0.2195	5053	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6747-3.7826	0.2669	270	0.2091	5043	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7826-3.9045	0.2688	241	0.2042	5098	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9045-4.0438	0.2645	253	0.2006	5011	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0438-4.2053	0.2541	279	0.1863	5000	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2053-4.3961	0.2554	272	0.1776	4980	X-RAY DIFFRACTION	91
4.3961-4.6272	0.2185	269	0.1693	4996	X-RAY DIFFRACTION	91
4.6272-4.916	0.2213	266	0.1735	4955	X-RAY DIFFRACTION	90
4.916-5.2938	0.2255	266	0.1804	4953	X-RAY DIFFRACTION	91
5.2938-5.8232	0.2708	228	0.1912	5029	X-RAY DIFFRACTION	91
5.8232-6.6584	0.2987	284	0.2124	4945	X-RAY DIFFRACTION	90
6.6584-8.3606	0.2514	262	0.1977	4925	X-RAY DIFFRACTION	89
8.3606-30.6785	0.2203	248	0.1813	4768	X-RAY DIFFRACTION	85

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関連情報:EMDBヘッダ

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