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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u4m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribosomal protein tthl1 in complex with 80nt 23s rna from thermus thermophilus | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA/RNA BINDING PROTEIN / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / RIBOSOMAL PROTEIN / rRNA (リボソームRNA) / rRNA BINDING (リボソームRNA) / RIBOSOME (リボソーム) / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A.G. / Nevskaya, N.A. / NIkonov, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: High-resolution crystal structure of the isolated ribosomal L1 stalk. 著者: Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. / Nevskaya, N. / Sarskikh, A. / Kostareva, O. / Nikonova, E. / Sycheva, A. / Moshkovskii, S. / Garber, M. / Nikonov, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u4m.cif.gz | 115 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u4m.ent.gz | 81.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 変異: V218R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: rplA, rpl1 / プラスミド: pET11a-PL/TthL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL11(DE3) / 参照: UniProt: P27150 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 25974.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment of 23S rRNA 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: pUC18/rRNATth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL11(DE3) |
-非ポリマー , 6種, 224分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MLI / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: Montel 200 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20.67 Å / Num. all: 35285 / Num. obs: 33346 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.99 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.14 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 6.68 / Num. unique all: 4415 / Rsym value: 0.169 / % possible all: 89.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entries 1AD2, 1MZP 解像度: 2→19.675 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 18.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.589 Å2 / ksol: 0.454 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.675 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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