+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tok | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Assaying the energies of biological halogen bonds. | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / DNA Holliday Junction | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Carter, M. / Ho, P.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: CRYST.GROWTH DES. / 年: 2011 タイトル: Assaying the Energies of Biological Halogen Bonds 著者: Carter, M. / Ho, P.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tok.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3tok.ent.gz | 23.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3tok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3tok | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2orgS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
詳細 | The asymmetric unit contains two DNA strands. The biological unit is deposited as four strands, containing two pairs of symmetry related alternative conformations |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 3061.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25mM Sodium Calcodylate, 10mM Calcuim Chloride, 1.1mM Spermine, and 0.35mM of each DNA strand, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop,temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-rock SI(111) sagitally focused monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 10026 / % possible obs: 97.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ORG 解像度: 1.74→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.84 Å |