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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sga | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF PRODUCT AND INHIBITOR COMPLEXES OF STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE A AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION. A MODEL FOR SERINE PROTEASE CATALYSIS | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 streptogrisin A / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sielecki, A.R. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980 タイトル: Structures of product and inhibitor complexes of Streptomyces griseus protease A at 1.8 A resolution. A model for serine protease catalysis. 著者: James, M.N. / Sielecki, A.R. / Brayer, G.D. / Delbaere, L.T. / Bauer, C.A. #1: ジャーナル: Proceedings of the Daresbury Study Weekend: Refinement of Protein Structures 年: 1981 タイトル: The Importance of Refined Structures to the Understanding of Enzyme Action 著者: Sielecki, A.R. / James, M.N.G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979 タイトル: Protein Structure Refinement. Streptomyces Griseus Serine Protease A at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Sielecki, A.R. / Hendrickson, W.A. / Broughton, C.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985 タイトル: Electron Density Calculations as an Extension of Protein Structure Refinement. Streptomyces Griseus Protease at 1.5 Angstroms Resolution 著者: Moult, J. / Sussman, F. / James, M.N.G. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979 タイトル: Crystallographic and Kinetic Investigations of the Covalent Complex Formed by a Specific Tetrapeptide Aldehyde and the Serine Protease from Streptomyces Griseus 著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Bauer, C.-A. / Thompson, R.C. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease A at 2.8 Angstroms Resolution. II. Molecular Conformation, Comparison with Alpha-Chymotrypsin and Active-Site Geometry 著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease A at 2.8 Angstroms Resolution. I. Crystallization, Data Collection and Structural Analysis 著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. #7: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1978 タイトル: Amino Acid Sequence Alignment of Bacterial and Mammalian Pancreatic Serine Proteases Based on Topological Equivalences 著者: James, M.N.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. #8: ジャーナル: Nature / 年: 1975 タイトル: Tertiary Structural Differences between Microbial Serine Proteases and Pancreatic Serine Enzymes 著者: Delbaere, L.T.J. / Hutcheon, W.L.B. / James, M.N.G. / Thiessen, W.E. #9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980 タイトル: Structure of the Complex Formed between the Bacterial-Produced Inhibitor Chymostatin and the Serine Enzyme Streptomyces Griseus Protease A 著者: Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. #10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985 タイトル: Refined Structure of Alpha-Lytic Protease at 1.7 Angstroms Resolution: Analysis of Hydrogen Bonding and Solvent Structure 著者: Fujinaga, M. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sga.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sga.ent.gz | 35.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sga.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3sga_validation.pdf.gz | 374 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3sga_full_validation.pdf.gz | 378.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3sga_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3sga_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sga | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE SIDE CHAIN OF ARG E 221 IS VERY DISORDERED. COORDINATES FOR THE ATOMS BEYOND CB HAVE BEEN OMITTED. 2: RESIDUE E 99A IS A CIS-PROLINE. 3: SOLVENT 229, ALTHOUGH REFINED AS AN OXYGEN ATOM, HAS BEEN INTERPRETED AS A NA+ ION. SEE REFERENCE 2 ABOVE FOR FURTHER DETAILS. | |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18016.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 遺伝子: sprA / 参照: UniProt: P00776 |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE C-TERMINUS OF THE INHIBITOR IS A MODIFIED PHENYLALANINE IN WHICH THE CARBOXYLATE GOURD HAS BEEN ...THE C-TERMINUS OF THE INHIBITOR IS A MODIFIED PHENYLALAN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.1 / 手法: equilibrium dialysis | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 15228 / % possible obs: 71.7 % / Num. measured all: 16005 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor obs: 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 13.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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