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- PDB-1sgc: THE 1.8 ANGSTROMS STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CHYMOSTATIN AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgc
タイトルTHE 1.8 ANGSTROMS STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CHYMOSTATIN AND STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE A. A MODEL FOR SERINE PROTEASE CATALYTIC TETRAHEDRAL INTERMEDIATES
要素
  • CHYMOSTATIN A
  • PROTEINASE A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE (SERINE PROTEINASE) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin A / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymostatin A / Streptogrisin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
MC521-C8
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: The 1.8 A structure of the complex between chymostatin and Streptomyces griseus protease A. A model for serine protease catalytic tetrahedral intermediates.
著者: Delbaere, L.T. / Brayer, G.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structure of the Complex Formed between the Bacterial-Produced Inhibitor Chymostatin and the Serine Enzyme Streptomyces Griseus Protease A
著者: Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
履歴
登録1986年4月18日処理サイト: BNL
改定 1.01986年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 2.02024年6月5日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEINASE A
B: CHYMOSTATIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6242
ポリマ－18,6242
非ポリマー00
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.050, 55.050, 54.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Atom site foot note1: RESIDUE 99A IS A CIS-PROLINE.
2: THE SIDE CHAIN ATOMS OF ARG 221 BEYOND CB WERE NOT WELL DEFINED AND, THEREFORE, ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-252-

HOH

21A-281-

HOH

31A-295-

HOH

41A-357-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE A


分子量: 18016.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00776
#2: タンパク質・ペプチド CHYMOSTATIN A


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 607.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces hygroscopicus, MC521-C8 / 参照: Chymostatin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE INHIBITOR CHYMOSTATIN A HAS LAST RESIDUE PHENYLALANINAL REPRESENTED WITH ALTERNATE ...THE INHIBITOR CHYMOSTATIN A HAS LAST RESIDUE PHENYLALANINAL REPRESENTED WITH ALTERNATE CONFORMATIONS ON ITS TERMINAL OXYGEN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Delbaere, L.T.J., (1980) J. Mol. Biol., 139, 45.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. all: 15941 / Num. obs: 15116 / Rmerge(I) obs: 0.021

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.123 / 最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 0 217 1520
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11755 / σ(I): 3 / Rfactor obs: 0.123
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 11.5 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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