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万見
- PDB-3sg7: Crystal Structure of GCaMP3-KF(linker 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sg7
タイトルCrystal Structure of GCaMP3-KF(linker 1)
要素Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimeraミオシン軽鎖キナーゼ
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / calcium sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / ミオシン軽鎖キナーゼ / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential ...tonic smooth muscle contraction / ミオシン軽鎖キナーゼ / myosin light chain kinase activity / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / nitric-oxide synthase binding / protein phosphatase activator activity / 分裂溝 / calcium channel regulator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / voltage-gated potassium channel complex / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / stress fiber / positive regulation of protein dephosphorylation / titin binding / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sperm midpiece / response to amphetamine / calcium channel complex / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / nitric-oxide synthase regulator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / 生物発光 / sarcomere / regulation of cytokinesis / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 紡錘体 / cellular response to type II interferon / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / lamellipodium / 髄鞘 / kinase activity / 成長円錐 / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / リン酸化 / 中心体 / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EFハンド / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EFハンド / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Recoverin; domain 1 / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand domain pair / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Myosin light chain kinase, smooth muscle / 緑色蛍光タンパク質 / ミオシン軽鎖キナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schreiter, E.R. / Akerboom, J. / Looger, L.L.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: Optimization of a GCaMP calcium indicator for neural activity imaging.
著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / ...著者: Akerboom, J. / Chen, T.W. / Wardill, T.J. / Tian, L. / Marvin, J.S. / Mutlu, S. / Calderon, N.C. / Esposti, F. / Borghuis, B.G. / Sun, X.R. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Portugues, R. / Engert, F. / Macklin, J.J. / Filosa, A. / Aggarwal, A. / Kerr, R.A. / Takagi, R. / Kracun, S. / Shigetomi, E. / Khakh, B.S. / Baier, H. / Lagnado, L. / Wang, S.S. / Bargmann, C.I. / Kimmel, B.E. / Jayaraman, V. / Svoboda, K. / Kim, D.S. / Schreiter, E.R. / Looger, L.L.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _struct_ref.db_code ..._entity.pdbx_description / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7395
ポリマ－50,5781
非ポリマー1604
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.449, 61.531, 123.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera / ミオシン軽鎖キナーゼ


分子量: 50578.473 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: KF(linker 1) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: GFP, Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6LDG3, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29, UniProt: P11799*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF ...THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED KF LINKER, RESIDUES 149-239 OF UNP P42212, AN ENGINEERED GGTGGSMV LINKER, RESIDUES 2-144 OF UNP P42212, AN ENGINEERED TR LINKER, AND RESIDUES 3-149 OF UNP P62161. UNP P42212 RESIDUES S65, Y66, AND G67 ARE THE CHROMOPHORE CRO.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月3日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 33566 / Num. obs: 32056 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.825 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EK8

3ek8


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.142 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23035 1679 5 %RANDOM
Rwork0.18504 ---
all0.18732 33566 --
obs0.18732 32056 95.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3181 0 4 186 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9411.9664411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9935464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9485404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45825.412170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76115595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.031517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 122 -
Rwork0.316 2140 -
obs--94.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.88173.41588.72291.84722.07356.639-0.23230.44690.08710.07590.0463-0.2572-0.21720.39360.1860.2510.01730.0030.1258-0.0210.155518.4960.56839.025
225.793914.7272-2.834410.7101-1.8974.6615-0.1894-0.22260.8351-0.13890.07910.2277-0.27960.25370.11020.22950.0270.00340.0457-0.01530.06256.4055.46124.817
30.74940.39890.06171.3964-0.66762.253-0.03190.0504-0.1156-0.1226-0.0377-0.0520.08210.15080.06970.1631-0.00120.04160.0461-0.02870.04826.089-3.47119.793
42.5032-1.67718.54523.6943-6.04229.3190.0808-0.1327-0.2351-0.02120.64950.33940.1713-0.4628-0.73030.3230.0140.08340.4536-0.00930.3436-0.844-20.19622.999
51.43040.4058-0.34282.5105-0.311.9308-0.03870.12860.0172-0.23250.0364-0.053-0.08150.08320.00230.1775-0.02390.02270.0485-0.01390.01054.0570.7813.751
64.35390.54640.92613.82090.70322.1254-0.0511-0.0897-0.2003-0.06210.0835-0.4337-0.06440.225-0.03250.2042-0.0172-0.02630.1180.01550.147518.741-6.60341.284
73.77030.92580.82526.42271.08567.5690.27810.1315-0.2246-0.1869-0.25610.09190.07270.0221-0.02210.1952-0.02930.02120.15680.01680.073525.6037.69554.131
87.4124-1.16520.58997.1615-0.43215.31590.0766-0.0375-0.2717-0.19220.0181-0.56840.01450.5332-0.09460.219-0.06990.070.18810.02830.198535.2210.44851.001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3A89 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A146 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5A164 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6A302 - 375
7X-RAY DIFFRACTION7A383 - 418
8X-RAY DIFFRACTION8A419 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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