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万見
- PDB-3s5w: Ornithine Hydroxylase (PvdA) from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s5w
タイトルOrnithine Hydroxylase (PvdA) from Pseudomonas aeruginosa
要素L-ornithine 5-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CLASS B FLAVIN DEPENDENT N-HYDROXYLATING MONOOXYGENASE / Class B Flavin Dependent Monooxygenase N-Hydroxylating / Monooxygenase / Bacterial cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase (NADPH) / ornithine N5-monooxygenase activity / pyoverdine biosynthetic process / intracellular iron ion homeostasis / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / N~5~-hydroxy-L-ornithine / リン酸塩 / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Olucha, J. / Lamb, A.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Two Structures of an N-Hydroxylating Flavoprotein Monooxygenase: ORNITHINE HYDROXYLASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA.
著者: Olucha, J. / Meneely, K.M. / Chilton, A.S. / Lamb, A.L.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ornithine 5-monooxygenase
B: L-ornithine 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,06111
ポリマ－103,4222
非ポリマー3,6399
水6,774376
1
A: L-ornithine 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5786
ポリマ－51,7111
非ポリマー1,8675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L-ornithine 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4835
ポリマ－51,7111
非ポリマー1,7724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.943, 130.943, 318.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細AUTHORS STATE THAT DYNAMIC LIGHT SCATTERING EXPERIMENTS HAVE SHOWN PVDA BEHAVES AS A MONOMER IN SOLUTION (MENEELY, K.M. AND LAMB, A.L., BIOCHEMISTRY, 2007, 46 (42), 11930-11937).

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-ornithine 5-monooxygenase / L-ornithine N(5)-oxygenase


分子量: 51711.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2386, pvd-1, pvdA / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q51548, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 1分子の酸素を取り込む

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非ポリマー , 5種, 385分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ONH / N~5~-hydroxy-L-ornithine / N5-ヒドロキシオルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 148.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O3
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 9.5% PEG 8000, 25% glycerol, 60 mM potassium phosphate monobasic, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.8 Å / Num. all: 111425 / Num. obs: 108180 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2.8 A Seleno-SAD PVDA MODEL

解像度: 1.9→36.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.441 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21735 5403 5 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.19311 102726 99.36 %-
all-103383 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6547 0 211 376 7134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9939400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9115822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71323.097339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95151119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1211565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9481.54107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78826597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72632809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3074.52801
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 369 -
Rwork0.235 7207 -
obs--95.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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