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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r2d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in complex with dsRNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/RNA / cross species NusB-NusE-RNA interaction / transcription elongation / gene regulation (遺伝子発現の調節) / protein-RNA interaction (RNA結合タンパク質) / TRANSCRIPTION-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / small ribosomal subunit / tRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å | ||||||
データ登録者 | Stagno, J.R. / Ji, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011 タイトル: Structural basis for RNA recognition by NusB and NusE in the initiation of transcription antitermination. 著者: Stagno, J.R. / Altieri, A.S. / Bubunenko, M. / Tarasov, S.G. / Li, J. / Court, D.L. / Byrd, R.A. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r2d.cif.gz | 217.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r2d.ent.gz | 171.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/3r2d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOMOLECULES 1 AND 2 REPRESENT SLIGHTLY DIFFERENT BINDING MODES OF NUSB/NUSE TO DOUBLE-STRANDED RNA |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17273.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_133, nusB / プラスミド: pDest527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66530 #2: タンパク質 | 分子量: 9558.287 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_008, NUSE, rpsJ / プラスミド: pDest527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66430 #3: RNA鎖 | 分子量: 3804.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BoxA RNA / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア) #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A ...THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A SERINE (SER47) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M diammonium phosphate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 32257 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 55.84 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3D3B 解像度: 2.199→33.642 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.159 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.199→33.642 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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