[日本語] English
万見
- PDB-3qcx: Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) kinase domain with 6-{... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qcx
タイトルPhosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) kinase domain with 6-{2-Amino-6-[(3R)-3-methyl-4-morpholinyl]-4-pyrimidinyl}-1H-indazol-3-amine
要素3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain (キナーゼ) / AGC kinase / Signal transduction (シグナル伝達) / Phosphorylation on s241 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / RSK activation / hyperosmotic response / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / phospholipase binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / extrinsic apoptotic signaling pathway / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / 遊走 / Regulation of TP53 Degradation / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / insulin receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PDPK1 family / PH domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PDK1-type, PH domain / PDPK1 family / PH domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Q2 / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. ...Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / Chadderton, A.R. / Dumble, M. / Gradiner, C.M. / Gilbert, S. / Liu, Q. / Rabindran, S.K. / Sudakin, V. / Xiang, H. / Brady, P.G. / Campobasso, N. / Ward, P. / Axten, J.M.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure-Based Design of Potent and Selective 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) Inhibitors.
著者: Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / ...著者: Medina, J.R. / Becker, C.J. / Blackledge, C.W. / Duquenne, C. / Feng, Y. / Grant, S.W. / Heerding, D. / Li, W.H. / Miller, W.H. / Romeril, S.P. / Scherzer, D. / Shu, A. / Bobko, M.A. / Chadderton, A.R. / Dumble, M. / Gardiner, C.M. / Gilbert, S. / Liu, Q. / Rabindran, S.K. / Sudakin, V. / Xiang, H. / Brady, P.G. / Campobasso, N. / Ward, P. / Axten, J.M.
#1: ジャーナル: ACS Med. Chem. Lett. / 年: 2010
タイトル: Aminoindazole PDK1 Inhibitors: A Case Study in Fragment-Based Drug Discovery
著者: Medina, J.R. / Blackledge, C.W. / Heerding, D.A. / Campobasso, N. / Ward, P. / Briand, J. / Wright, L. / Axten, J.M.
履歴
登録2011年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,01513
ポリマ－35,6531
非ポリマー1,36212
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.352, 123.352, 46.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-397-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35652.852 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain, residues 48-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK1, PDPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-3Q2 / 6-{2-amino-6-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]pyrimidin-4-yl}-2H-indazol-3-amine


分子量: 325.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N7O
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.9-2 M ammonium sulfate,0.1 M tris pH 9. and 5mM ATP; 15-30% glycerol plus mother liquor mixed with inhibitor served as the cryo-protectant before being frozen in liquid nitrogen, Vapor ...詳細: 1.9-2 M ammonium sulfate,0.1 M tris pH 9. and 5mM ATP; 15-30% glycerol plus mother liquor mixed with inhibitor served as the cryo-protectant before being frozen in liquid nitrogen, Vapor diffusion. sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日 / 詳細: diamond
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 18547 / Num. obs: 18547 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.384.30.53718391.00999.7
2.38-2.484.60.43618391.068100
2.48-2.594.80.35718371.078100
2.59-2.734.80.2718261.083100
2.73-2.94.90.18718311.099100
2.9-3.1250.13518611.088100
3.12-3.435.20.08718401.081100
3.43-3.935.20.06618601.08599.9
3.93-4.955.20.05118701.046100
4.95-3050.03719441.06399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→28.374 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 1746 9.91 %
Rwork0.1795 --
obs0.1841 17623 95.04 %
all-18543 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.834 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.9 Å2 / Biso mean: 41.9516 Å2 / Biso min: 24.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4179 Å2-0 Å20 Å2
2---3.4179 Å20 Å2
3---6.8358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 84 49 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3533207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.231856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.36620.29481340.20981226136087
2.3662-2.44260.2131320.1851209134189
2.4426-2.52980.3051310.18841238136990
2.5298-2.63110.27441360.19891286142292
2.6311-2.75070.27291410.19961299144094
2.7507-2.89560.25581480.18251301144996
2.8956-3.07680.24461440.17521346149096
3.0768-3.3140.23481510.18131367151898
3.314-3.64690.21291550.16111366152198
3.6469-4.17320.20321580.15281383154199
4.1732-5.25240.1831520.159314091561100
5.2524-28.37660.21721640.208614471611100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る