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万見
- PDB-3pze: JNK1 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pze
タイトルJNK1 in complex with inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase JNK1 / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / protein serine/threonine kinase binding ...positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / DSCAM interactions / NRAGE signals death through JNK / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / regulation of macroautophagy / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / stress-activated MAPK cascade / response to mechanical stimulus / response to UV / JNK cascade / cellular response to cadmium ion / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of protein metabolic process / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / negative regulation of protein binding / FCERI mediated MAPK activation / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of circadian rhythm / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to mechanical stimulus / histone deacetylase binding / rhythmic process / regulation of protein localization / 細胞老化 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to lipopolysaccharide / response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シナプス / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CFK / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xue, Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of Checkpoint Kinase Inhibitor (S)-5-(3-Fluorophenyl)-N-(piperidin-3-yl)-3-ureidothiophene-2-carboxamide (AZD7762) by Structure-Based Design and Optimization of Thiophenecarboxamide Ureas.
著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J. / ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Almeida, L. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Gero, T. / Grondine, M. / Horn, C. / Ioannidis, S. / Liu, D. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Pass, M. / Read, J. / Ready, S. / Rowsell, S. / Su, M. / Toader, D. / Vasbinder, M. / Yu, D. / Yu, Y. / Xue, Y. / Zabludoff, S. / Janetka, J.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9936
ポリマ－41,3481
非ポリマー6465
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.586, 71.378, 106.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1 / Stress-activated protein ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1 / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 41347.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45983, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CFK / 3-(carbamoylamino)-5-phenylthiophene-2-carboxamide


分子量: 261.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 15% PEG2000 MME, 100 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0159
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日
放射モノクロメーター: Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.8 Å / Num. all: 25419 / Num. obs: 25419 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→23.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9293 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9143 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 1041 4.11 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.206 25353 96.49 %-
all-25419 --
原子変位パラメータBiso max: 132.32 Å2 / Biso mean: 37.2244 Å2 / Biso min: 15.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4845 Å20 Å20 Å2
2--3.2042 Å20 Å2
3---6.2803 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 38 177 3031
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10292
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes772
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4065
X-RAY DIFFRACTIONt_it291420
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3685
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact35264
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d291420.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg394021.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.15
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 103 3.76 %
Rwork0.2271 2635 -
all0.2274 2738 -
obs--96.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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