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万見
- PDB-3p4a: 2'Fluoro modified RNA octamer fA2U2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4a
タイトル2'Fluoro modified RNA octamer fA2U2
要素2'Fluoro modified RNA 8-MER
キーワードRNA (リボ核酸) / 2'-FLUORO-RNA / O2'-MODIFICATION / OCTAMER (オリゴマー) / 2'-fluoro 2'-deoxycytidine / 2'-fluoro 2'-deoxyguanosine / 2'-fluoro 2'-deoxyadenosine / 2'-fluoro 2'-deoxyuridine / siRNA
機能・相同性STRONTIUM ION / リボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Manoharan, M. / Akinc, A. / Pandey, R.K. / Qin, J. / Hadwiger, P. / John, M. / Mills, K. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Nechev, L. ...Manoharan, M. / Akinc, A. / Pandey, R.K. / Qin, J. / Hadwiger, P. / John, M. / Mills, K. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Nechev, L. / Greene, E.M. / Pallan, P.S. / Rozners, E. / Rajeev, K.G. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Unexpected origins of the enhanced pairing affinity of 2'-fluoro-modified RNA.
著者: Pallan, P.S. / Greene, E.M. / Jicman, P.A. / Pandey, R.K. / Manoharan, M. / Rozners, E. / Egli, M.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
B: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
C: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
D: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
E: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
F: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,09217
ポリマ－15,2556
非ポリマー83711
水5,332296
1
A: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
B: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2855
ポリマ－5,0852
非ポリマー2003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
D: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4356
ポリマ－5,0852
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
F: 2'Fluoro modified RNA 8-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3726
ポリマ－5,0852
非ポリマー2874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.245, 43.245, 60.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-711-

MG

21E-712-

MG

31A-859-

HOH

41B-723-

HOH

51B-736-

HOH

61B-828-

HOH

71B-871-

HOH

81B-896-

HOH

91B-929-

HOH

101C-729-

HOH

111C-740-

HOH

121D-717-

HOH

131D-743-

HOH

141E-710-

HOH

151E-735-

HOH

161E-987-

HOH

171E-989-

HOH

181E-1004-

HOH

191F-727-

HOH

201F-943-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
2'Fluoro modified RNA 8-MER


分子量: 2542.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized modified RNA
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム


分子量: 87.620 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM strontium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12mM spermine tetrahydrochloride, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against a reservoir of 35% MPD, ...詳細: 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM strontium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12mM spermine tetrahydrochloride, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against a reservoir of 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.7689
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.9787
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年11月17日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.76891
20.97871
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 40060 / Num. obs: 39940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4027 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
HKL2Mapモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→30 Å / 交差検証法: Troughout / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1997 -Random
Rwork0.17 ---
obs0.17 39888 99.9 %-
all-39940 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1002 11 296 1309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.24 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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