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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p0v | ||||||
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タイトル | anti-EGFR/HER3 Fab DL11 alone | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / beta-sandwich / antigens EGFR and HER3 | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Eigenbrot, C. / Shia, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011 タイトル: A two-in-one antibody against HER3 and EGFR has superior inhibitory activity compared with monospecific antibodies. 著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. ...著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. / Danilenko, D.M. / Franke, Y. / Stephan, J.P. / Hwang, J. / Wu, Y. / Bostrom, J. / Sliwkowski, M.X. / Fuh, G. / Eigenbrot, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p0v.cif.gz | 328.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p0v.ent.gz | 279.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23385.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 24000.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MgCl/PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 20713 / Num. obs: 20173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 9.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 44.118 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.986 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.852→3.006 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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