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万見
- PDB-3oz9: Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oz9
タイトルCrystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1
要素
  • Fab NC-1 IgG2a heavy chain
  • Fab NC-1 kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold / non-neutralizing antibody / HIV-1 gp41 6-helix bundle core
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / extracellular space / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-2A chain C region, A allele / Igk protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Calarese, D.A. / Jiang, S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1
著者: Stanfield, R.L. / Calarese, D.A. / Jiang, S. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_nat ...entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab NC-1 kappa light chain
H: Fab NC-1 IgG2a heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0556
ポリマ－46,6872
非ポリマー3684
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.373, 61.539, 154.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab NC-1 kappa light chain


分子量: 23102.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q52L95
#2: 抗体 Fab NC-1 IgG2a heavy chain / Immunoglobulin heavy chain gamma polypeptide


分子量: 23584.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.13M sodium citrate, 0.1M sodium borate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24.4 Å / Num. all: 52849 / Num. obs: 52849 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2596 / Rsym value: 0.685 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NCA

1nca


解像度: 1.6→24.38 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2682 5.08 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.1922 52784 --
obs0.1922 52784 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.424 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2514 Å20 Å20 Å2
2--2.142 Å20 Å2
3---0.1094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 24 485 3792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0744696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2851226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004589
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.62910.41531300.340425982598100
1.6291-1.66040.39631290.31326752675100
1.6604-1.69430.3851510.302125292529100
1.6943-1.73110.33821490.277726452645100
1.7311-1.77140.37011370.258925662566100
1.7714-1.81570.29631300.233426372637100
1.8157-1.86480.24661480.218326052605100
1.8648-1.91960.2211280.195425882588100
1.9196-1.98150.25451640.19092620262099
1.9815-2.05230.23951420.17482604260499
2.0523-2.13450.18831280.16722607260799
2.1345-2.23150.23011250.16832629262999
2.2315-2.34910.2031200.18232658265899
2.3491-2.49610.22251500.19372606260699
2.4961-2.68870.21831420.19192645264599
2.6887-2.95880.23161590.18752671267199
2.9588-3.3860.22211600.178626462646100
3.386-4.26230.16921380.147927182718100
4.2623-24.38290.19561520.1582855285599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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