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- PDB-3ol2: Receptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ol2
タイトルReceptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1.
要素
  • Plexin-B1
  • Semaphorin-4D
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta-Propeller / Signalling / Extacellular
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / regulation of cell projection organization / semaphorin receptor binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Other semaphorin interactions / negative regulation of osteoblast proliferation / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting ...leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / regulation of cell projection organization / semaphorin receptor binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Other semaphorin interactions / negative regulation of osteoblast proliferation / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting / inhibitory synapse assembly / chemorepellent activity / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding / ossification involved in bone maturation / neural crest cell migration / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / negative chemotaxis / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of axonogenesis / negative regulation of osteoblast differentiation / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / neuron projection morphogenesis / regulation of cell migration / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / axon guidance / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / G alpha (12/13) signalling events / cell migration / signaling receptor activity / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 ...Semaphorin / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plexin-B1 / Semaphorin-4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Robinson, R.A. / Perez-Branguli, F. / Bell, C.H. / Mitchell, C.J. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis of semaphorin-plexin signalling.
著者: Janssen, B.J. / Robinson, R.A. / Perez-Branguli, F. / Bell, C.H. / Mitchell, K.J. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-4D
B: Plexin-B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4949
ポリマ－131,2402
非ポリマー3,2547
水00
1
A: Semaphorin-4D
B: Plexin-B1
ヘテロ分子

A: Semaphorin-4D
B: Plexin-B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,98918
ポリマ－262,4804
非ポリマー6,50814
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint42 kcal/mol
Surface area55420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.055, 173.436, 482.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
詳細In the native form Human semaphorin 4D exists as a dimer. / Domains 1 and 2 of Human plexin B1 are monomeric in solution.

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要素

#1: 抗体 Semaphorin-4D / BB18 / A8 / GR3


分子量: 74315.547 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA4D, C9orf164, CD100, SEMAJ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92854
#2: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 56924.668 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domainsl (1-2) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43157
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris,0.2 M calcium acetate, 6% v/v glycerol, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03
検出器日付: 2009年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.99 Å / Num. obs: 35192 / Biso Wilson estimate: 84.64 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9258 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 1760 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.192 35192 --
原子変位パラメータBiso mean: 75.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.9027 Å20 Å20 Å2
2--0.6743 Å20 Å2
3---15.2283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8613 0 215 0 8828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019074HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2812378HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2946SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes215HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1477HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9074HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.11
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1197SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9896SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.08 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3926 114 4.34 %
Rwork0.2487 2515 -
all0.2548 2629 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4809-0.1186-0.5650.84460.32.1952-0.2444-0.0911-0.27630.18960.09620.17040.4173-0.41570.1482-0.0519-0.06880.1219-0.16330.0293-0.1418-5.244-23.69665.3999
23.68990.7924-2.8180.0054-0.26951.0612-0.0273-0.1243-0.0323-0.0399-0.0450.20450.0866-0.09170.0723-0.0054-0.10120.1520.3040.0847-0.304-26.7491-18.387993.2957
31.10670.0182-2.60661.91171.49135.8620.0343-0.30730.0486-0.069-0.0626-0.0134-0.11290.26510.0282-0.16060.0560.14870.3040.0006-0.304-13.6636-1.3135110.844
40.9115-0.2421-0.58750.67690.15392.12220.0582-0.06240.2267-0.0310.1278-0.05630.0047-0.0844-0.186-0.0291-0.06690.0616-0.204-0.0313-0.010522.7015-20.826429.0035
53.70050.1975-0.22920.12632.89675.60790.07920.0960.06740.0993-0.0502-0.24560.02050.26-0.0290.0895-0.06550.152-0.0086-0.1304-0.024154.6079-19.17929.3861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|24 - A|501 A|1000 - A|9001 }A24 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|24 - A|501 A|1000 - A|9001 }A1000 - 9001
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|502 - A|552 }A502 - 552
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|553 - A|648 }A553 - 648
5X-RAY DIFFRACTION4{ B|23 - B|487 B|2000 - B|2002 }B23 - 487
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|23 - B|487 B|2000 - B|2002 }B2000 - 2002
7X-RAY DIFFRACTION5{ B|488 - B|533 }B488 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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