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- PDB-1olz: The ligand-binding face of the semaphorins revealed by the high r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1olz
タイトルThe ligand-binding face of the semaphorins revealed by the high resolution crystal structure of SEMA4D
要素SEMAPHORIN 4D
キーワードDEVELOPMENTAL PROTEIN / CD100 / SEMAPHORIN / BETA-PROPELLER / PSI DOMAIN / IG-LIKE DOMAIN / EXTRACELLULAR RECEPTOR / NEUROGENESIS / GLYCOPROTEIN DEVELOPMENTAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE / SPINE / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / regulation of cell projection organization / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting / neuropilin binding / negative regulation of cell adhesion ...leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / regulation of cell projection organization / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting / neuropilin binding / negative regulation of cell adhesion / chemorepellent activity / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / neural crest cell migration / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / negative chemotaxis / regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of GTPase activity / axon guidance / GABA-ergic synapse / transmembrane signaling receptor activity / regulation of cell shape / signaling receptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / postsynaptic membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / ciliary basal body / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. ...Semaphorin / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Love, C.A. / Harlos, K. / Mavaddat, N. / Davis, S.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Esnouf, R.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Ligand-Binding Face of the Semaphorins Revealed by the High-Resolution Crystal Structure of Sema4D
著者: Love, C.A. / Harlos, K. / Mavaddat, N. / Davis, S.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Esnouf, R.M.
履歴
登録2003年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEMAPHORIN 4D
B: SEMAPHORIN 4D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6312
ポリマ－148,6312
非ポリマー00
水15,151841
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.320, 76.760, 89.410
Angle α, β, γ (deg.)77.41, 73.35, 63.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.50294, -0.85108, -0.15071), (-0.85918, -0.51127, 0.02002), (-0.0941, 0.11942, -0.98837)
ベクター: -0.119, -0.569, 0.467)

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要素

#1: 抗体 SEMAPHORIN 4D / LEUKOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD100 / BB18 / A8 / GR3


分子量: 74315.547 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE EXTRACELLULAR FRAGMENT, RESIDUES 22-677 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q92854
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM FLORIDE, 20% PEG 3350, pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1droppH8.0
30.1 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 108424 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 375205 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED IN A EUKARYOTIC EXPRESSION SYSTEM WHICH IS THEREFORE NOT FULLY SELENO-METHIONINE LABELLED SINCE THE EXACT COMPOSITION IS UNKNOWN, WE HAVE USED A CONSERVATIVE APPROACH ...詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED IN A EUKARYOTIC EXPRESSION SYSTEM WHICH IS THEREFORE NOT FULLY SELENO-METHIONINE LABELLED SINCE THE EXACT COMPOSITION IS UNKNOWN, WE HAVE USED A CONSERVATIVE APPROACH IN REFINEMENT AND TREATED THE RESIDUES AS STANDARD METHIONINE RESIDUES ALLOWING B FACTORS TO COMPENSATE FOR OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 5440 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 107917 96.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9828 0 0 841 10669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.33
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it73
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.53.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 589 5 %
Rwork0.342 11156 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN-REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH11.WAT
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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