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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1olz | ||||||
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タイトル | The ligand-binding face of the semaphorins revealed by the high resolution crystal structure of SEMA4D | ||||||
要素 | SEMAPHORIN 4D | ||||||
キーワード | DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達) / CD100 / SEMAPHORIN (セマフォリン) / BETA-PROPELLER (Βプロペラドメイン) / PSI DOMAIN / IG-LIKE DOMAIN / EXTRACELLULAR RECEPTOR / NEUROGENESIS (神経発生) / GLYCOPROTEIN DEVELOPMENTAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE (構造ゲノミクス) / SPINE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / regulation of cell projection organization / semaphorin receptor binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Other semaphorin interactions / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting ...leukocyte aggregation / positive regulation of inhibitory synapse assembly / regulation of cell projection organization / semaphorin receptor binding / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Other semaphorin interactions / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / bone trabecula morphogenesis / semaphorin receptor complex / positive regulation of collateral sprouting / chemorepellent activity / negative regulation of cell adhesion / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / 神経堤 / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative chemotaxis / regulation of dendrite morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / 軸索誘導 / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / regulation of cell shape / receptor ligand activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Love, C.A. / Harlos, K. / Mavaddat, N. / Davis, S.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Esnouf, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: The Ligand-Binding Face of the Semaphorins Revealed by the High-Resolution Crystal Structure of Sema4D 著者: Love, C.A. / Harlos, K. / Mavaddat, N. / Davis, S.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Esnouf, R.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1olz.cif.gz | 268.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1olz.ent.gz | 221.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1olz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.50294, -0.85108, -0.15071), ベクター: |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 74315.547 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE EXTRACELLULAR FRAGMENT, RESIDUES 22-677 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q92854 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM FLORIDE, 20% PEG 3350, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 108424 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 375205 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED IN A EUKARYOTIC EXPRESSION SYSTEM WHICH IS THEREFORE NOT FULLY SELENO-METHIONINE LABELLED SINCE THE EXACT COMPOSITION IS UNKNOWN, WE HAVE USED A CONSERVATIVE APPROACH ...詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED IN A EUKARYOTIC EXPRESSION SYSTEM WHICH IS THEREFORE NOT FULLY SELENO-METHIONINE LABELLED SINCE THE EXACT COMPOSITION IS UNKNOWN, WE HAVE USED A CONSERVATIVE APPROACH IN REFINEMENT AND TREATED THE RESIDUES AS STANDARD METHIONINE RESIDUES ALLOWING B FACTORS TO COMPENSATE FOR OCCUPANCY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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