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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nva | ||||||
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タイトル | Dimeric form of CTP synthase from Sulfolobus solfataricus | ||||||
要素 | CTP synthaseCTP synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / CTP synthase activity / nucleotide binding (ヌクレオチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å | ||||||
データ登録者 | Harris, P. / Willemoes, M. / Lauritsen, I. / Johansson, E. / Jensen, K.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Structure of the dimeric form of CTP synthase from Sulfolobus solfataricus 著者: Lauritsen, I. / Willemoes, M. / Jensen, K.F. / Johansson, E. / Harris, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nva.cif.gz | 431.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nva.ent.gz | 355.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nva | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vcnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59833.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pyrG, SSO0201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q980S6, CTP synthase (glutamine hydrolysing) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 6% PEG 8000, 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate buffer pH 4.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月5日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→27.392 Å / Num. obs: 39001 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.979 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 19.93 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VCN 解像度: 2.504→27.392 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7673 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.016 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 208.53 Å2 / Biso mean: 60.9652 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.504→27.392 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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