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- PDB-3muw: シンドビスウイルス中の E2-E1タンパク質殻の 疑似原子構造 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3muw
タイトルPseudo-atomic structure of the E2-E1 protein shell in Sindbis virus
記述子Structural polyprotein (E.C.3.4.21.-)
キーワードVIRUS / icosahedral protein shell / icosahedral virus
試料の由来Sindbis virus / ウイルス / SINV / シンドビスウイルス
手法電子顕微鏡 (9 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Li, L. / Jose, J. / Xiang, Y. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用Nature, 2010, 468, 705-708

Nature, 2010, 468, 705-708 万見文献
Structural changes of envelope proteins during alphavirus fusion.
Long Li / Joyce Jose / Ye Xiang / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2010年5月3日 / 公開: 2010年11月24日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.02010年11月24日Structure modelrepositoryInitial release
1.12011年7月13日Structure modelVersion format compliance

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1121
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1121
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
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ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural polyprotein
U: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
X: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
Y: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
Z: Structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,2828
ポリマ-319,2828
非ポリマ-00
0
#1
A: Structural polyprotein
U: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
X: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
Y: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
Z: Structural polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,156,897480
ポリマ-19,156,897480
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation60
#2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
point symmetry operation1
#3
A: Structural polyprotein
U: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
X: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
Y: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
Z: Structural polyprotein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.6 MDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,596,40840
ポリマ-1,596,40840
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation5
#4
A: Structural polyprotein
U: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
X: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
Y: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
Z: Structural polyprotein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.92 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,915,69048
ポリマ-1,915,69048
非ポリマ-00
0
タイプ名称対称操作
point symmetry operation6
#5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1

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構成要素

#1: L型ポリペプチド
Structural polyprotein / p130 / Capsid protein / Coat protein / C / p62 / E3/E2 / E3 protein / Spike glycoprotein E3 / E2 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E2 / 6K protein / E1 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 41311.758 Da / 分子数: 4
由来: (天然) Sindbis virus / ウイルス / シンドビスウイルス
参照: UniProt: P03316, EC: 3.4.21.-

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#2: L型ポリペプチド
Structural polyprotein / p130 / Capsid protein / Coat protein / C / p62 / E3/E2 / E3 protein / Spike glycoprotein E3 / E2 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E2 / 6K protein / E1 envelope glycoprotein / Spike glycoprotein E1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 38508.645 Da / 分子数: 4
由来: (天然) Sindbis virus / ウイルス / シンドビスウイルス
参照: UniProt: P03316, EC: 3.4.21.-

細胞要素

分子機能

生物学的過程

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent ID
1Sindbis virusVIRUS0
2E2-E1 protein shell of Sindbis virus1
ウイルスについての詳細ウイルスの宿主の分類: VERTEBRATES / ウイルスの単離状態: STRAIN / ウイルスのタイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液名称: TNE buffer / 詳細: TNE buffer / pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: This grid plus sample was kept at 100 K
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200T / 日付: 2000年6月21日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 38000 / 倍率(補正後の値): 39220 / 最大 デフォーカス(公称値): 2580 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ最大 傾斜角: 0 deg. / 最小 傾斜角: 0 deg.
撮影電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMFitMODEL FITTING
2PURDUE PROGRAMSRECONSTRUCTION
CTF補正詳細: CTF correction of each particle.
対称性点対称性: I
3次元再構成手法: model-based common lines / 分解能: 9 Å / 粒子像の数: 7085 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body / 精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL / 当てはまり具合の基準: sumf
原子モデル構築PDB-ID: 3MUU
置いた原子数 #LASTタンパク質: 2468 / 核酸: 0 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 2468

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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