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- PDB-3msh: Crystal structure of Hepatitis B X-Interacting Protein at high re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3msh
タイトルCrystal structure of Hepatitis B X-Interacting Protein at high resolution
要素Hepatitis B virus X-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / alpha-beta proteins / profilin-like fold / Roadblock/LC7 domain superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / オートファジー / regulation of cell size ...positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / オートファジー / regulation of cell size / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / viral genome replication / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to virus / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / リソソーム / lysosomal membrane / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / リン酸塩 / Ragulator complex protein LAMTOR5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Skoufias, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of HBXIP: The Protein That Interacts with the Anti-Apoptotic Protein Survivin and the Oncogenic Viral Protein HBx.
著者: Garcia-Saez, I. / Lacroix, F.B. / Blot, D. / Gabel, F. / Skoufias, D.A.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis B virus X-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2567
ポリマ－10,6941
非ポリマー5626
水1,22568
1
A: Hepatitis B virus X-interacting protein
ヘテロ分子

A: Hepatitis B virus X-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,51114
ポリマ－21,3882
非ポリマー1,12312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area3430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.161, 49.161, 72.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hepatitis B virus X-interacting protein / HBV X-interacting protein / HBX-interacting protein


分子量: 10694.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBXIP, XIP / プラスミド: pET-23d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43504

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非ポリマー , 5種, 74分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20-24% PEG3350, 20% isopropanol, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月21日
詳細: Optics: Horizontally bended Ge(220). Mirrors: Vertically bended multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→40.63 Å / Num. all: 14364 / Num. obs: 14314 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.51→1.59 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1994 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MS6

3ms6


解像度: 1.51→40.63 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1364 9.95 %
Rwork0.1802 --
obs0.1833 13713 95.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.24 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3052 Å2-0 Å20 Å2
2---0.3052 Å2-0 Å2
3---0.6103 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→40.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数660 0 36 68 764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0461011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.17288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.56690.26071140.23191061X-RAY DIFFRACTION83
1.5669-1.62970.21521260.18551140X-RAY DIFFRACTION91
1.6297-1.70380.21391340.18041173X-RAY DIFFRACTION93
1.7038-1.79370.23651350.17581213X-RAY DIFFRACTION95
1.7937-1.9060.21711330.17921242X-RAY DIFFRACTION96
1.906-2.05320.20061410.15881261X-RAY DIFFRACTION98
2.0532-2.25980.18341390.15511275X-RAY DIFFRACTION99
2.2598-2.58680.20461430.16971300X-RAY DIFFRACTION99
2.5868-3.25880.20871460.17911312X-RAY DIFFRACTION99
3.2588-40.630.21371530.18351372X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0816-0.3171-0.5451.55450.04291.3232-0.0114-0.0079-0.0407-0.1622-0.1088-0.06320.04780.01630.10410.1090.0023-0.00110.1227-0.01020.09924.124411.01187.1333
21.40251.45720.28871.97890.94240.9469-0.10920.5616-0.146-0.20470.2445-0.0885-0.027-0.0253-0.05480.2311-0.1753-0.01420.5156-0.19980.1897-11.288-1.55647.2715
31.6282-0.2067-1.3811.56720.37031.46550.17050.14420.06150.084-0.22930.0627-0.1271-0.38810.09270.1055-0.01870.00450.1484-0.02020.0803-2.919111.774213.2382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:54)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 55:63)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 64:89)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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