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- PDB-3mq6: Domain swapped SgrAI with DNA and calcium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mq6
タイトルDomain swapped SgrAI with DNA and calcium bound
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
  • SgraIR restriction enzyme
キーワードHYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENZYME-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / 制限酵素 / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / SgraIR restriction enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dunten, P.W. / Horton, N.C. / Little, E.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / : 2010
タイトル: Domain swapping in allosteric modulation of DNA specificity.
著者: Park, C.K. / Joshi, H.K. / Agrawal, A. / Ghare, M.I. / Little, E.J. / Dunten, P.W. / Bitinaite, J. / Horton, N.C.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SgraIR restriction enzyme
B: SgraIR restriction enzyme
C: SgraIR restriction enzyme
D: SgraIR restriction enzyme
E: SgraIR restriction enzyme
F: SgraIR restriction enzyme
G: SgraIR restriction enzyme
H: SgraIR restriction enzyme
L: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
M: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
Q: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,11638
ポリマ-345,23416
非ポリマー88222
24,0501335
1
A: SgraIR restriction enzyme
B: SgraIR restriction enzyme
L: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,54910
ポリマ-86,3094
非ポリマー2406
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10500 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA
2
C: SgraIR restriction enzyme
D: SgraIR restriction enzyme
N: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
M: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,54910
ポリマ-86,3094
非ポリマー2406
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
3
E: SgraIR restriction enzyme
F: SgraIR restriction enzyme
P: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5099
ポリマ-86,3094
非ポリマー2005
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10390 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33470 Å2
手法PISA
4
G: SgraIR restriction enzyme
H: SgraIR restriction enzyme
R: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
Q: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5099
ポリマ-86,3094
非ポリマー2005
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.384, 134.949, 237.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SgraIR restriction enzyme


分子量: 37941.906 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COEXPRESSED WITH MSPI METHYLTRANSFERASE FROM PBAKMSPIM
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: sgraIR / プラスミド: PET21A_SGRAIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9F6L0, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 5212.386 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: INCLUDES THE SGRAI RECOGNITION SEQUENCE
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.35 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, NACL, HEPES BUFFER, CACL2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NACL塩化ナトリウム11
3HEPES11
4CACL211
5PEG 400012
6NACL塩化ナトリウム12
7HEPES12
8CACL212

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
検出器検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 266875 / % possible obs: 94.9 % / Biso Wilson estimate: 33.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25.456 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 4926 2.02 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2118 244146 86.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.839 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2591 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.2834 Å2-0 Å2
3----3.0243 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21089 2747 22 1335 25193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21934113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.99241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.32141320.27377446X-RAY DIFFRACTION82
2.0227-2.04650.28621380.28796646X-RAY DIFFRACTION73
2.0465-2.07150.44341480.36486306X-RAY DIFFRACTION70
2.0715-2.09770.32141280.30355575X-RAY DIFFRACTION61
2.0977-2.12530.29251690.24737778X-RAY DIFFRACTION86
2.1253-2.15440.3411630.24477977X-RAY DIFFRACTION88
2.1544-2.18510.26781500.25958102X-RAY DIFFRACTION88
2.1851-2.21770.32171240.2756222X-RAY DIFFRACTION87
2.2177-2.25230.55621130.40074733X-RAY DIFFRACTION63
2.2523-2.28920.37481090.3034804X-RAY DIFFRACTION52
2.2892-2.32870.30221570.22838159X-RAY DIFFRACTION90
2.3287-2.3710.27031580.22658207X-RAY DIFFRACTION90
2.371-2.41660.27121990.22728239X-RAY DIFFRACTION90
2.4166-2.46590.29391640.21778421X-RAY DIFFRACTION92
2.4659-2.51940.27831650.22048347X-RAY DIFFRACTION91
2.5194-2.5780.25651810.22628455X-RAY DIFFRACTION92
2.578-2.64240.2941810.22968451X-RAY DIFFRACTION92
2.6424-2.71380.30581810.23398541X-RAY DIFFRACTION93
2.7138-2.79350.29421940.23238611X-RAY DIFFRACTION94
2.7935-2.88360.27751880.22298736X-RAY DIFFRACTION95
2.8836-2.98650.24171700.22138751X-RAY DIFFRACTION95
2.9865-3.10590.25751910.21498843X-RAY DIFFRACTION96
3.1059-3.24690.27591610.20478983X-RAY DIFFRACTION97
3.2469-3.41780.24571770.19538980X-RAY DIFFRACTION97
3.4178-3.63130.23241990.18218976X-RAY DIFFRACTION97
3.6313-3.91080.21931550.17578773X-RAY DIFFRACTION95
3.9108-4.30260.20431700.15928968X-RAY DIFFRACTION96
4.3026-4.92130.18271730.15438884X-RAY DIFFRACTION95
4.9213-6.18560.21291950.17469257X-RAY DIFFRACTION98
6.1856-25.45770.20571930.18049049X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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