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- PDB-3mcl: Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mcl
タイトルAnti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group P21
要素
  • C706 MONOCLONAL HEAVY CHAIN
  • C706 MONOCLONAL LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN FOLD / MONOCLONAL ANTIBODY (モノクローナル抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / 獲得免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2010
タイトル: His-tag binding by antibody C706 mimics Beta-amyloid recognition.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Canziani, G. / Zhao, Y. / Gutshall, L. / Jung, S.S. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: C706 MONOCLONAL LIGHT CHAIN
H: C706 MONOCLONAL HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2762
ポリマ－47,2762
非ポリマー00
水8,935496
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.330, 62.790, 68.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 C706 MONOCLONAL LIGHT CHAIN


分子量: 23074.598 Da / 分子数: 1
断片: CHIMERIC MOLECULE OF MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / Cell (発現宿主): Human embryonic kidney (HEK) 293 cells / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#2: 抗体 C706 MONOCLONAL HEAVY CHAIN


分子量: 24200.965 Da / 分子数: 1
断片: FD fragment of the heavy chain, CHIMERIC MOLECULE OF MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / Cell (発現宿主): Human embryonic kidney (HEK) 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE; CRYO CONDITIONS: 0.1 M HEPES PH 7.0, 24% PEG 3350, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日 / 詳細: VARIMAX HF
放射モノクロメーター: NONE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→69 Å / Num. all: 42232 / Num. obs: 42232 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EO8

1eo8


解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.607 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 1325 3.1 %RANDOM
Rwork0.20306 ---
all0.20481 40833 --
obs0.20481 40833 92.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.26 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----0.86 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.134 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 0 496 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.944605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1735435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04924.365126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16615537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4311510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.022535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.14522227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.55343519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.14381334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.609881086
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 91 -
Rwork0.244 2575 -
obs-2575 85.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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