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- PDB-3o11: Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o11
タイトルAnti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2
要素
  • C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera
  • C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011
タイトル: His-tag binding by antibody C706 mimics beta-amyloid recognition.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Canziani, G. / Zhao, Y. / Gutshall, L. / Jung, S.S. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera
H: C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera
A: C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera
B: C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5174
ポリマ－94,5174
非ポリマー00
水1,72996
1
L: C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera
H: C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2592
ポリマ－47,2592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
2
A: C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera
B: C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2592
ポリマ－47,2592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.040, 45.020, 158.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 C706 LIGHT CHAIN variable region, Ig kappa chain C region chimera


分子量: 23057.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: IGKC / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体 C706 HEAVY CHAIN variable region, Ig gamma-1 chain C region chimera


分子量: 24200.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: IGHG1 / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 3.5
詳細: 0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→53 Å / Num. obs: 20634 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREK9.6Lデータ削減
d*TREK9.6Lデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MCL

3mcl


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.849 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.543 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 432 2.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.223 20043 83.3 %-
all-20043 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å20 Å2-0.49 Å2
2--3.55 Å20 Å2
3----1.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6540 0 0 96 6636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216719
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.949148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9235861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63124.348253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.009151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8691520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.025044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.85324389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.32766974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it17.315122663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it24.593992174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.82 37 -
Rwork0.454 1389 -
obs--82.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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