PDB-3lc6: The alternative conformation structure of isocitrate dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lc6

タイトル

The alternative conformation structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase from E. Coli

要素

Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

HYDROLASE (加水分解酵素) / KINASE PHOSPHATASE / ATP-BINDING / GLYOXYLATE BYPASS /

KINASE (キナーゼ) / NUCLEOTIDE-BINDING /

PROTEIN PHOSPHATASE (プロテインホスファターゼ) /

TRICARBOXYLIC ACID CYCLE (クエン酸回路) /

NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 /

グリオキシル酸回路 /

phosphoprotein phosphatase activity /

クエン酸回路 / glucose metabolic process /

リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zheng, J. / Jia, Z.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of the bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase.
著者: Zheng, J. / Jia, Z.

履歴

登録	2010年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lc6.cif.gz	233.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lc6.ent.gz	186.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3epsC 3lcbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6scx-d 4tqs-d 7btk-3 1pwq-1 5z3r-d 6yg1-d 2r7a-d 2v9w-d 2bh2-d 4i6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

ヘテロ分子

136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.145, 133.757, 187.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase / IDH kinase/phosphatase / IDHK/P 分子量: 67823.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ACEK, ECS4934, Z5602; / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: B5Z0A8, UniProt: Q8X607*PLUS, [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 6.8 詳細: 12% PEG 8000, 0.001M calcium chloride, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES 15% Glycerol, 0.002M DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→10 Å / Num. obs: 27965 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.726 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.661 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.872 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.332	1017	4.8 %	RANDOM
R_work	0.287	-	-	-
obs	0.289	21403	83.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8980	0	51	76	9107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.952	12544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.449	5	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.366	22.744	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.453	15	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.778	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.654	1.5	5415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.058	2	8743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.161	3	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.852	4.5	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.16 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.417	54	-
R_work	0.34	1041	-
obs	-	-	68.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6902	-0.1474	0.1802	0.6209	-0.0313	0.6492	-0.014	-0.1266	-0.1348	0.0803	0.0215	-0.0251	0.0751	0.0353	-0.0076	0.1268	-0.0115	0.009	0.0935	-0.0065	0.0812	-9.6357	-12.7896	30.1628
2	0.1443	-0.0398	0.0414	0.686	-0.0379	0.0564	-0.0565	-0.1067	0.1433	0.1282	0.0484	-0.001	-0.0925	-0.0455	0.0081	0.1775	0.0234	-0.0212	0.1933	-0.0422	0.1864	-25.7659	16.6171	32.5284
3	0.302	0.2487	-0.0878	0.3641	-0.069	0.4721	-0.0224	-0.0014	0.0595	0.0175	0.0021	0.0078	-0.0845	-0.0166	0.0203	0.1164	0.0041	0.0073	0.1194	-0.0139	0.1194	-22.7266	-0.0049	43.6942
4	0.7918	0.0089	0.2291	0.3075	-0.0409	0.5292	0.0002	-0.029	-0.1131	0.0471	0.0009	0.02	0.0901	0.0006	-0.0011	0.1052	-0.0074	0.007	0.081	0.0045	0.086	-30.3562	-15.6442	52.8573
5	0.1095	0.0117	-0.0297	0.2226	0.1603	0.3864	0.0055	-0.0442	0.148	0.048	-0.0003	0.047	-0.1802	0.0302	-0.0053	0.1875	-0.0027	0.0083	0.1698	-0.0143	0.2179	-47.6136	-3.467	44.613
6	0.8325	0.1317	-0.0617	1.2177	-0.0782	0.7802	0.0283	-0.0501	0.0116	0.0607	-0.0418	-0.0266	-0.0169	-0.0004	0.0136	0.1027	0.0155	-0.0056	0.1489	-0.0006	0.0951	-6.2773	-4.0443	16.6413
7	0.2323	0.1581	0.1378	0.1925	0.0968	0.2053	0.0065	0.0928	-0.1434	-0.0578	0.0151	-0.0866	0.1062	0.0941	-0.0216	0.171	0.0201	0.0111	0.15	0.0006	0.1482	-10.9288	-20.7534	9.2258
8	0.5066	-0.1014	-0.0539	0.0723	0.0817	0.5345	-0.0102	-0.0387	0.0811	0.0365	-0.0067	0.0432	-0.0754	-0.0506	0.0168	0.1229	-0.0056	0.0051	0.1256	0.0065	0.1273	-17.8762	13.7579	6.5317
9	0.182	0.1411	-0.0092	0.5292	0.107	0.3625	0.01	-0.0329	-0.0722	0.0608	-0.0016	-0.023	0.0826	0.0062	-0.0085	0.1282	0.0037	0.002	0.1453	0.0017	0.1382	0.9298	-0.8026	-11.7471
10	0.0427	0.0484	0.0417	0.216	-0.0957	0.3088	0.0031	0.0169	0.0494	-0.0011	-0.0076	0.0616	-0.0745	-0.0739	0.0045	0.1816	-0.0025	-0.0014	0.1797	-0.0022	0.1822	10.3795	20.1898	-5.4457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	121 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	198 - 341
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	342 - 527
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	528 - 571
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	59 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	121 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	304 - 480
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	481 - 574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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