[日本語] English
万見
- PDB-5z3r: Crystal Structure of Delta 5-3-Ketosteroid Isomerase from Mycobac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z3r
タイトルCrystal Structure of Delta 5-3-Ketosteroid Isomerase from Mycobacterium sp.
要素Steroid delta-isomerase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Ketosteroid Isomerase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / isomerase activity / Roll / Alpha Beta / Steroid delta-isomerase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium neoaurum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Cheng, X.Y. / Peng, F. / Yang, F. / Huang, Y.Q. / Su, Z.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Department of Science and Technology, Hubei Province2016ACA128 中国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Structure-based reconstruction of a Mycobacterium hypothetical protein into an active Delta5-3-ketosteroid isomerase.
著者: Peng, F. / Cheng, X.Y. / Wang, H. / Song, S. / Chen, T. / Li, X. / He, Y. / Huang, Y.Q. / Liu, S. / Yang, F. / Su, Z.D.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: refln
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Steroid delta-isomerase
D: Steroid delta-isomerase
F: Steroid delta-isomerase
C: Steroid delta-isomerase
G: Steroid delta-isomerase
H: Steroid delta-isomerase
E: Steroid delta-isomerase
B: Steroid delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,6998
ポリマ－125,6998
非ポリマー00
水23413
1
A: Steroid delta-isomerase
G: Steroid delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4252
ポリマ－31,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
2
D: Steroid delta-isomerase
H: Steroid delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4252
ポリマ－31,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
3
F: Steroid delta-isomerase
B: Steroid delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4252
ポリマ－31,4252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
4
C: Steroid delta-isomerase
E: Steroid delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4252
ポリマ－31,4252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.630, 107.840, 301.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Steroid delta-isomerase / Delta 5-3-Ketosteroid isomerase


分子量: 15712.435 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium neoaurum (バクテリア)
遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: V5XH97
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tri-Sodium acetate pH 4.5, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 21%-29% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→47.815 Å / Num. obs: 59832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 1.9
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 2.42→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.698 / Num. unique obs: 57477 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.408

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A15, 1OH0

2a15

1oh0


解像度: 2.42→47.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.249
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 2867 4.8 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2227 56965 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.92 Å2 / Biso mean: 61.934 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.63 Å2-0 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7955 0 0 13 7968
Biso mean---53.73 -
残基数----1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.028131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.93711119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.934316919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15551039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57723.591362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.787151168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3351564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9236.1314180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9196.134179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8559.1895211
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 214 -
Rwork0.35 4197 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る