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- PDB-3l5k: The crystal structure of human Haloacid Dehalogenase-like Hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l5k
タイトルThe crystal structure of human Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase Domain containing 1A (HDHD1A)
要素Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HDHD1A / Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase Domain containing 1A / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudouridine 5'-phosphatase / pseudouridine 5'-phosphatase activity / pyrimidine nucleoside salvage / Pyrimidine salvage / nucleotide metabolic process / phosphatase activity / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pseudouridine-5'-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Guo, K. / Picaud, S. / Muniz, J. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Ugochukwu, E. / Guo, K. / Picaud, S. / Muniz, J. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase Domain containing 1A (HDHD1A)
著者: Ugochukwu, E. / Guo, K. / Picaud, S. / Muniz, J. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / ...著者: Ugochukwu, E. / Guo, K. / Picaud, S. / Muniz, J. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2097
ポリマ－27,9361
非ポリマー2736
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.190, 85.190, 103.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 1A / Protein GS1


分子量: 27936.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDHD1A / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q08623
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium dihydrogen phosphate, 1.344 M di-potassium hydrogen phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.59 Å / Num. obs: 29508 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 17548 / Rsym value: 0.855 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PIB, 3HLT, 3K1Z, 2W4M

2pib
PDB 未公開エントリ

3hlt

3k1z

2w4m


解像度: 2→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.824 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21272 1495 5.1 %RANDOM
Rwork0.16542 ---
all0.1677 28009 --
obs0.1677 28009 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.4 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 11 217 2063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9882562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96733195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2675240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76824.87278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04615332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.654157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.76351183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0135462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.21271920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.2699704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.0411638
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 121 -
Rwork0.301 2009 -
obs--98.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0870.49070.21382.75670.30863.10850.04640.1048-0.0043-0.0723-0.0139-0.11030.0740.0742-0.03240.0080.0029-0.00190.05450.02030.0188-1.639437.89523.3434
23.03920.63540.59742.1069-0.71377.1363-0.09860.0303-0.05630.06170.0679-0.1634-0.39080.12320.03070.1607-0.0273-0.00580.03530.00110.09160.380961.99114.9082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 43
2X-RAY DIFFRACTION1A110 - 250
3X-RAY DIFFRACTION2A44 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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