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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l3f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3 | ||||||
要素 | Protein DOA1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Armadillo-like repeat structure / Nucleus (Nucleus) / Ubl conjugation pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane ...ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Komori, H. / Nishimasu, R. / Kuno, T. / Higuchi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: KOBE J.MED.SCI. / 年: 2010 タイトル: Crystal Structure of a PFU-PUL Domain Pair of Saccharomyces Cerevisiae Doa1/Ufd3 著者: Nishimasu, R. / Komori, H. / Higuchi, Y. / Nishimasu, H. / Hiroaki, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l3f.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l3f.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l3f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40814.117 Da / 分子数: 1 / 断片: PFU-PUL domain, residues 354-715 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P36037 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 28% PEG 3350, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9789, 0.9792, 0.9640 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→33.75 Å / Num. obs: 34591 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.426 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.784 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.426 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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