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- PDB-2fna: Crystal structure of an archaeal aaa+ atpase (sso1545) from sulfo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fna
タイトルCrystal structure of an archaeal aaa+ atpase (sso1545) from sulfolobus solfataricus p2 at 2.00 A resolution
要素Conserved hypothetical protein
キーワードATP-BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ATPase domain / ATPase domain predominantly from Archaea / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ATPase domain / ATPase domain predominantly from Archaea / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a novel archaeal AAA+ ATPase SSO1545 from Sulfolobus solfataricus.
著者: Xu, Q. / Rife, C.L. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, ...著者: Xu, Q. / Rife, C.L. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kumar, A. / McMullan, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Reyes, R. / van den Bedem, H. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical protein
B: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,46113
ポリマ－84,1242
非ポリマー1,33711
水6,251347
1
A: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8869
ポリマ－42,0621
非ポリマー8248
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5754
ポリマ－42,0621
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.360, 108.350, 70.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical protein


分子量: 42061.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: 13814777 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 13814777, UniProt: Q97Y08*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9.5
詳細: 20.0% PEG-8000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95372, 0.979996
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月31日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953721
20.9799961
反射解像度: 2→69.5 Å / Num. obs: 53921 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.0779.60.4242.0510419851779.6
2.07-2.15850.5992.73109958992
2.15-2.2587.70.5993.42120029794
2.25-2.3790.50.5994.37121709971
2.37-2.5291.40.5995.391234310138
2.52-2.7193.10.5996.81121149964
2.71-2.9994.20.5999.61271110484
2.99-3.4296.70.59914.042179110512
3.42-4.398.40.59917.823339910680
4.3-69.598.70.59925.043356310852

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→69.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.233 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.161
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ADP AND MG WERE MODELED BASED ON ELECTRON DENSITY AND THE PROTEIN'S PROPOSED FUNCTION AS AN ATPASE. 4. RESIDUES 115-119 ARE DISORDERED IN EACH CHAIN AND WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2733 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.177 ---
obs0.17656 51161 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å2-0.71 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→69.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5688 0 84 347 6119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.42528020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.818312865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7725720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82723.791277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.787151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0741543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.25483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96133629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.48531440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.92355686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.93482634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.568112324
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 203 -
Rwork0.236 3667 -
obs--94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4925-0.49420.39271.1371-0.16820.9742-0.01740.0343-0.09240.0755-0.05620.1694-0.02460.05240.0736-0.0904-0.06130.0265-0.0747-0.0038-0.1257-0.505150.276149.4028
21.8422-0.26080.21921.4717-0.11280.70580.11290.23310.0451-0.1593-0.05450.1436-0.03140.0556-0.0584-0.09230.04340.0037-0.0962-0.0193-0.1318.413548.846384.7034
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all / Auth seq-ID: 0 - 356 / Label seq-ID: 1 - 357

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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