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- PDB-3kpy: Crystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 6-Chlorooxindole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpy
タイトルCrystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 6-Chlorooxindole
要素Phenylethanolamine N-methyltransferaseフェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / fragment screening / Catecholamine biosynthesis / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / メチル化 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-chloro-1,3-dihydro-2H-indol-2-one / S-アデノシル-L-ホモシステイン / フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Drinkwater, N. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Fragment-based screening by X-ray crystallography, MS and isothermal titration calorimetry to identify PNMT (phenylethanolamine N-methyltransferase) inhibitors.
著者: Drinkwater, N. / Vu, H. / Lovell, K.M. / Criscione, K.R. / Collins, B.M. / Prisinzano, T.E. / Poulsen, S.A. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethanolamine N-methyltransferase
B: Phenylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7966
ポリマ－63,6922
非ポリマー1,1044
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.908, 93.908, 188.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phenylethanolamine N-methyltransferase / フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ / PNMTase / Noradrenaline N-methyltransferase


分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNMT, PENT / プラスミド: pET17 PNMT-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P11086, フェニルエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-ES2 / 6-chloro-1,3-dihydro-2H-indol-2-one / 6-クロロインドリン-2-オン


分子量: 167.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6ClNO
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月6日
放射モノクロメーター: OSMIC VARI-MAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.56 Å / Num. obs: 30511 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 4.91 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.6 / Scaling rejects: 1134
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.493.850.2763.8954724781.175
2.49-2.594.480.2464.41300229001.0787.2
2.59-2.75.710.2414.91850032361.0697.7
2.7-2.856.850.26.1227033310199.1
2.85-3.026.740.1577.42216932860.9698.4
3.02-3.266.460.1239.12119932700.9397.6
3.26-3.585.060.08910.91636232040.8695.3
3.58-4.13.510.07311.71066729840.8787.7
4.1-5.172.80.06512.6789827300.979.3
5.17-45.562.80.03124.9902331130.885.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
JDirectorデータ収集
d*TREKデータ削減
MIFit位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn


解像度: 2.4→45.563 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.785 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1583 5.19 %Random
Rwork0.206 ---
obs0.209 30500 90.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.791 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.55 Å2 / Biso mean: 42.447 Å2 / Biso min: 18.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.457 Å20 Å2-0 Å2
2--3.457 Å2-0 Å2
3----6.913 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4099 0 74 268 4441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8675837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1011589
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.4770.2841340.2192109224374
2.477-2.5660.2851210.2132456257786
2.566-2.6690.3331690.2152732290196
2.669-2.790.3151550.2272824297999
2.79-2.9370.31280.2212889301799
2.937-3.1210.3521410.2282823296498
3.121-3.3620.3031730.2292816298998
3.362-3.70.2821430.1972685282892
3.7-4.2360.2471620.1822522268487
4.236-5.3350.2011230.172333245678
5.335-45.5710.2021340.1642728286286
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.0715 Å / Origin y: 51.1323 Å / Origin z: -5.8487 Å
111213212223313233
T0.2152 Å2-0.0329 Å2-0.0206 Å2-0.1054 Å20.0373 Å2--0.2164 Å2
L0.3414 °2-0.0918 °2-0.016 °2-0.227 °2-0.2191 °2--0.9877 °2
S-0.0393 Å °-0.0041 Å °0.0878 Å °0.0723 Å °-0.0156 Å °-0.009 Å °-0.1676 Å °0.0309 Å °0.0431 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA24 - 280
2X-RAY DIFFRACTION1allB14 - 281
3X-RAY DIFFRACTION1allA - B2001 - 2002
4X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 290
5X-RAY DIFFRACTION1allA2003 - 2312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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