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- PDB-3j7a: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j7a
タイトルCryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine, small subunit
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • 18S ribosomal RNA
  • tRNA転移RNA
キーワードRIBOSOME/INHIBITOR / emetine (エメチン) / RIBOSOME-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Ub-specific processing proteases / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L30/S12 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / : / Ribosomal protein S12e / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Double Stranded RNA Binding Domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e
類似検索 - ドメイン・相同性
エメチン / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S26 ...エメチン / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S20e, putative / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S28e, putative / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wong, W. / Bai, X.C. / Brown, A. / Fernandez, I.S. / Hanssen, E. / Condron, M. / Tan, Y.H. / Baum, J. / Scheres, S.H.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine.
著者: Wilson Wong / Xiao-chen Bai / Alan Brown / Israel S Fernandez / Eric Hanssen / Melanie Condron / Yan Hong Tan / Jake Baum / Sjors H W Scheres /
要旨: Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as ...Malaria inflicts an enormous burden on global human health. The emergence of parasite resistance to front-line drugs has prompted a renewed focus on the repositioning of clinically approved drugs as potential anti-malarial therapies. Antibiotics that inhibit protein translation are promising candidates for repositioning. We have solved the cryo-EM structure of the cytoplasmic ribosome from the human malaria parasite, Plasmodium falciparum, in complex with emetine at 3.2 Å resolution. Emetine is an anti-protozoan drug used in the treatment of ameobiasis that also displays potent anti-malarial activity. Emetine interacts with the E-site of the ribosomal small subunit and shares a similar binding site with the antibiotic pactamycin, thereby delivering its therapeutic effect by blocking mRNA/tRNA translocation. As the first cryo-EM structure that visualizes an antibiotic bound to any ribosome at atomic resolution, this establishes cryo-EM as a powerful tool for screening and guiding the design of drugs that target parasite translation machinery.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Structure summary
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2660
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • PDB-3j79 との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2660
  • + PDB-3j79
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 18S ribosomal RNA
B: 40S ribosomal protein eS1
C: 40S ribosomal protein uS2
D: 40S ribosomal protein uS3
E: 40S ribosomal protein uS4
F: 40S ribosomal protein eS4
G: 40S ribosomal protein uS5
H: 40S ribosomal protein eS6
I: 40S ribosomal protein uS7
J: 40S ribosomal protein eS7
K: 40S ribosomal protein uS8
L: 40S ribosomal protein eS8
M: 40S ribosomal protein uS9
N: 40S ribosomal protein uS10
O: 40S ribosomal protein eS10
P: 40S ribosomal protein uS11
Q: 40S ribosomal protein uS12
R: 40S ribosomal protein eS12
S: 40S ribosomal protein uS13
T: 40S ribosomal protein uS14
U: 40S ribosomal protein uS15
V: 40S ribosomal protein uS17
W: 40S ribosomal protein eS17
X: 40S ribosomal protein uS19
Y: 40S ribosomal protein eS19
Z: 40S ribosomal protein eS21
1: 40S ribosomal protein eS24
2: 40S ribosomal protein eS25
3: 40S ribosomal protein eS26
4: 40S ribosomal protein eS27
5: 40S ribosomal protein eS28
6: 40S ribosomal protein eS30
7: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,263,060102
ポリマ－1,260,88533
非ポリマー2,17469
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 A7

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 671337.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7
#33: RNA鎖 tRNA / 転移RNA


分子量: 23774.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ123456

#2: タンパク質 40S ribosomal protein eS1 /


分子量: 30111.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O97313
#3: タンパク質 40S ribosomal protein uS2 /


分子量: 29891.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IJD4
#4: タンパク質 40S ribosomal protein uS3 /


分子量: 24709.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IKH8
#5: タンパク質 40S ribosomal protein uS4 /


分子量: 22172.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I3R0
#6: タンパク質 40S ribosomal protein eS4 /


分子量: 29830.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IIU8
#7: タンパク質 40S ribosomal protein uS5 /


分子量: 30008.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IL02
#8: タンパク質 40S ribosomal protein eS6 /


分子量: 35473.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDR9
#9: タンパク質 40S ribosomal protein uS7 /


分子量: 21898.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IBN5
#10: タンパク質 40S ribosomal protein eS7 /


分子量: 22524.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IET7
#11: タンパク質 40S ribosomal protein uS8 /


分子量: 14900.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O77395
#12: タンパク質 40S ribosomal protein eS8 /


分子量: 25105.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IM10
#13: タンパク質 40S ribosomal protein uS9 /


分子量: 16318.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IAX5
#14: タンパク質 40S ribosomal protein uS10 /


分子量: 13534.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IK02
#15: タンパク質 40S ribosomal protein eS10 /


分子量: 16510.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IBQ5
#16: タンパク質 40S ribosomal protein uS11 /


分子量: 16105.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I3U6
#17: タンパク質 40S ribosomal protein uS12 /


分子量: 16166.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O97248
#18: タンパク質 40S ribosomal protein eS12 /


分子量: 15414.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O97249
#19: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 /


分子量: 17928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IIA2
#20: タンパク質 40S ribosomal protein uS14 /


分子量: 6430.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H4K8
#21: タンパク質 40S ribosomal protein uS15 /


分子量: 17286.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IDB0
#22: タンパク質 40S ribosomal protein uS17 /


分子量: 18801.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O77381
#23: タンパク質 40S ribosomal protein eS17 /


分子量: 16096.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I502
#24: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 /


分子量: 16800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: C0H5C2
#25: タンパク質 40S ribosomal protein eS19 /


分子量: 19757.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IFP2
#26: タンパク質 40S ribosomal protein eS21 /


分子量: 9157.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IHS5
#27: タンパク質 40S ribosomal protein eS24 /


分子量: 15431.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8I3R6
#28: タンパク質 40S ribosomal protein eS25 /


分子量: 11691.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8ILN8
#29: タンパク質 40S ribosomal protein eS26 /


分子量: 12539.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O96258
#30: タンパク質 40S ribosomal protein eS27 /


分子量: 9154.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IEN2
#31: タンパク質 40S ribosomal protein eS28 /


分子量: 7508.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: Q8IKL9
#32: タンパク質 40S ribosomal protein eS30 /


分子量: 6508.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 参照: UniProt: O96269

-
非ポリマー , 3種, 69分子

#34: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#35: 化合物 ChemComp-34G / emetine / (3beta,14beta)-6',7',10,11-tetramethoxyemetan / (2R,3S,11bR)-2-[[(1S)-6,7-ジメトキシ-1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン-1-イル]メ(以下略) / エメチン


分子量: 480.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40N2O4
#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine
タイプ: RIBOSOME
分子量値: 4.2 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 20 mM HEPES, pH 7.4, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 10 mM magnesium acetate, 5 mM BME
pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 10 mM magnesium acetate, 5 mM BME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: holey carbon grids (Quantifoil R2/2) with home-made continuous carbon film, glow-discharged 30 seconds
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
手法: Blot 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月19日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104748 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 85 K / 最高温度: 90 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: An in-house system was used to intercept videos from the detector at a rate of 17 frames/second (1 second exposures).
画像スキャンデジタル画像の数: 1083
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0077 2014/05/16 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105247 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å
詳細: A newly developed statistical movie processing approach was used to compensate for beam-induced movement.
Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32915 35848 103 0 68866

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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