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万見
- PDB-3iqm: Active site mutants of B. subtilis SecA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iqm
タイトルActive site mutants of B. subtilis SecA
要素Protein translocase subunit secA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / alpha-beta protein / ATP-binding / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding ...cell envelope Sec protein transport complex / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / 脂質ラフト / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #230 / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA ...Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #230 / Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / SecA P-loop domain / SEC-C motif / SEC-C motif / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kim, D. / Hunt, J.F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: ATPase Active-Site Electrostatic Interactions Control the Global Conformation of the 100 kDa SecA Translocase.
著者: Kim, D.M. / Zheng, H. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32013年4月3日Group: Database references
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit secA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,44912
ポリマ－91,3931
非ポリマー1,05711
水70339
1
A: Protein translocase subunit secA
ヘテロ分子

A: Protein translocase subunit secA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,89924
ポリマ－182,7862
非ポリマー2,11322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-26.8 kcal/mol
Surface area71310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.136, 130.136, 153.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
詳細AUTHORS STATE THAT THE ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit secA


分子量: 91392.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-802 / 変異: E208Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU35300, div+, secA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28366
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM BES pH 7.0, 2.12 M Ammonium sulfate, 31% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9805 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 20687 / Num. obs: 19343 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.92
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2064 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M6N

1m6n


解像度: 3.4→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 161243.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 790 4.8 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 19343 --
obs0.209 16394 79.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.5609 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 105.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.29 Å20 Å20 Å2
2---10.29 Å20 Å2
3---20.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 55 39 6495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 49 4.1 %
Rwork0.291 1154 -
obs-1154 58.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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