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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ijg | ||||||
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タイトル | Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Bound to the (R)-Stereoisomer of AV1013 | ||||||
要素 | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / allosteric binding (アロステリック効果) / Cytokine (サイトカイン) / Immune response (免疫応答) / Inflammatory response (炎症) / Innate immunity (自然免疫系) / Phosphoprotein / Secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Crichlow, G.V. / Cho, Y. / Lolis, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Allosteric inhibition of macrophage migration inhibitory factor revealed by ibudilast. 著者: Cho, Y. / Crichlow, G.V. / Vermeire, J.J. / Leng, L. / Du, X. / Hodsdon, M.E. / Bucala, R. / Cappello, M. / Gross, M. / Gaeta, F. / Johnson, K. / Lolis, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ijg.cif.gz | 86.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ijg.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ijg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ijg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3ijg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-AVR / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 3% isopropanol, 0.5 M NaCl, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane; mixed with protein:inhibitor complex in a 1:1 ratio, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 42688 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.333 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique all: 2099 / Χ2: 0.838 / % possible all: 96 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.335 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.724 / Cor.coef. Io to Ic: 0.691
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3DJH 解像度: 1.7→100 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.894 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 65.071 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.14 Å2 / Biso mean: 22.329 Å2 / Biso min: 10.86 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.073
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Xplor file |
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