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万見
- PDB-3ijj: Ternary Complex of Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijj
タイトルTernary Complex of Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Bound Both to 4-hydroxyphenylpyruvate and to the Allosteric Inhibitor AV1013 (R-stereoisomer)
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE / allosteric inhibition / Cytokine / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Phosphoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / protein homotrimerization / chemoattractant activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AVR / Chem-EN1 / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Crichlow, G.V. / Cho, Y. / Lolis, E.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Allosteric inhibition of macrophage migration inhibitory factor revealed by ibudilast.
著者: Cho, Y. / Crichlow, G.V. / Vermeire, J.J. / Leng, L. / Du, X. / Hodsdon, M.E. / Bucala, R. / Cappello, M. / Gross, M. / Gaeta, F. / Johnson, K. / Lolis, E.J.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,66118
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,59615
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.236, 67.908, 87.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPROAA2 - 152 - 15
21METMETPROPROBB2 - 152 - 15
31METMETPROPROCC2 - 152 - 15
12GLYGLYPROPROAA17 - 3417 - 34
22GLYGLYPROPROBB17 - 3417 - 34
32GLYGLYPROPROCC17 - 3417 - 34
13ALAALAALAALAAA38 - 11438 - 114
23ALAALAALAALABB38 - 11438 - 114
33ALAALAALAALACC38 - 11438 - 114

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome tautomerase / L-dopachrome isomerase / ...MIF / Phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome tautomerase / L-dopachrome isomerase / Glycosylation-inhibiting factor / GIF


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

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非ポリマー , 5種, 494分子

#2: 化合物 ChemComp-EN1 / (2E)-2-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoic acid / α,4-ジヒドロキシ-cis-けい皮酸


分子量: 180.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O4
#3: 化合物 ChemComp-ENO / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / HPP / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸


分子量: 180.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-AVR / (2R)-2-amino-1-[2-(1-methylethyl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl]propan-1-one / (R)-2-amino-1-(2-isopropylpyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl)propan-1-one


分子量: 231.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N3O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細MOLECULE ENO 901 CHAIN C COULD NOT BE THE ENOL TAUTOMER, DUE TO THE DIHEDRAL ANGLE BETWEEN C2 AND ...MOLECULE ENO 901 CHAIN C COULD NOT BE THE ENOL TAUTOMER, DUE TO THE DIHEDRAL ANGLE BETWEEN C2 AND C3 OF THE PYRUVATE NOT ALLOWING A DOUBLE BOND, BUT WITH THE BOND ANGLE AT ATOM C3 TOO WIDE FOR THE KETO TAUTOMER. THEREFORE, ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY (WHICH HAS HIGH RESOLUTION) IT WOULD APPEAR AS IF IT IS SOME FORM OF INTERMEDIATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 3% isopropanol, 0.5 M NaCl, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane; mixed in a 1:1 ratio with the protein:substrate:inhibitor complex, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 / 詳細: mirror and monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→100 Å / Num. obs: 110659 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.334 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Num. unique all: 5484 / Χ2: 0.926 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.357 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.677 / Cor.coef. Io to Ic: 0.6
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3DJH

3djh


解像度: 1.25→53.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.041 / SU Rfree: 0.04 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1117 1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.163 110630 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.96 Å2 / Biso mean: 16.909 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.04 Å0.041 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→53.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 103 479 3152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2012.013844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2035357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21624.074108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.3715422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8321513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0310.0212184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4631.51756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84222846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.84831059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0364.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.69532815
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 769 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ALOOSE POSITIONAL0.185
BLOOSE POSITIONAL0.275
CLOOSE POSITIONAL0.225
ALOOSE THERMAL3.1210
BLOOSE THERMAL4.3310
CLOOSE THERMAL3.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 79 -
Rwork0.243 7910 -
all-7989 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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