PDB-5bsi: Crystal structure of Y36A mutant of human macrophage migration in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bsi

タイトル

Crystal structure of Y36A mutant of human macrophage migration inhibitory factor

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

ISOMERASE / surface / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / protein homotrimerization / chemoattractant activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pantouris, G. / Lolis, E.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: An Analysis of MIF Structural Features that Control Functional Activation of CD74.
著者: Pantouris, G. / Syed, M.A. / Fan, C. / Rajasekaran, D. / Cho, T.Y. / Rosenberg, E.M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J.

履歴

登録	2015年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bsi.cif.gz	192 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bsi.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p01C 4p0hC 4pkzC 4pluC 4trfC 4truC 4xx7C 4xx8C 5bs9C 5bscC 3djhS 5bsj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4etg-d 4z1t-d 4gro-1 4wrb-d 3ijj-d 4z1u-2 3dji-2 4evg-d 4grq-d 6bg7-d 4k9g-d 4wr8-5 4wr8-3 6oy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

D: Macrophage migration inhibitory factor

E: Macrophage migration inhibitory factor

F: Macrophage migration inhibitory factor

G: Macrophage migration inhibitory factor

J: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

99.4 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Macrophage migration inhibitory factor

E: Macrophage migration inhibitory factor

F: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

G: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

G: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

J: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

J: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.771, 177.771, 217.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 114 / Label seq-ID: 1 - 114

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 12262.959 Da / 分子数: 8 / 変異: Y36A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 3% 2-propanol, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 173102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.609 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3DJH

3djh

解像度: 2→44.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	8507	5 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.208	163006	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6831	0	76	576	7483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	7048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.95	1.966	9591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.63	3.002	15217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.453	5	904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.075	24.564	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.319	15	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.718	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	8122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.271	2.659	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.271	2.658	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.483	3.961	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12852	0.07
1	2	B	12852	0.07
2	1	A	12802	0.08
2	2	C	12802	0.08
3	1	A	12828	0.08
3	2	D	12828	0.08
4	1	A	12698	0.08
4	2	E	12698	0.08
5	1	A	12744	0.07
5	2	F	12744	0.07
6	1	A	12902	0.07
6	2	G	12902	0.07
7	1	A	12654	0.08
7	2	J	12654	0.08
8	1	B	12730	0.08
8	2	C	12730	0.08
9	1	B	12776	0.08
9	2	D	12776	0.08
10	1	B	12728	0.07
10	2	E	12728	0.07
11	1	B	12652	0.08
11	2	F	12652	0.08
12	1	B	12800	0.08
12	2	G	12800	0.08
13	1	B	12620	0.08
13	2	J	12620	0.08
14	1	C	12652	0.09
14	2	D	12652	0.09
15	1	C	12578	0.09
15	2	E	12578	0.09
16	1	C	12908	0.07
16	2	F	12908	0.07
17	1	C	12722	0.09
17	2	G	12722	0.09
18	1	C	12834	0.07
18	2	J	12834	0.07
19	1	D	12732	0.08
19	2	E	12732	0.08
20	1	D	12690	0.08
20	2	F	12690	0.08
21	1	D	12826	0.08
21	2	G	12826	0.08
22	1	D	12654	0.09
22	2	J	12654	0.09
23	1	E	12596	0.07
23	2	F	12596	0.07
24	1	E	12724	0.07
24	2	G	12724	0.07
25	1	E	12582	0.08
25	2	J	12582	0.08
26	1	F	12674	0.08
26	2	G	12674	0.08
27	1	F	12812	0.08
27	2	J	12812	0.08
28	1	G	12712	0.08
28	2	J	12712	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	610	-
R_work	0.23	11903	-
obs	-	-	97.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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