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Yorodumi- PDB-4gro: Crystallographic and biological characterization of N- and C- ter... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gro | ||||||
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Title | Crystallographic and biological characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF | ||||||
Components | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
Keywords | cytokine / Isomerase / alpha/beta mixture | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Fan, C. / Lolis, E. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: crystallographic and biological characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF Authors: Fan, C. / Lolis, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gro.cif.gz | 369.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gro.ent.gz | 307.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gro.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4gro_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4gro_full_validation.pdf.gz | 449.5 KB | Display | |
Data in XML | 4gro_validation.xml.gz | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4gro_validation.cif.gz | 55.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gro | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12568.290 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: Pro1-Ala2 are insertions Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Strain: human / Gene: GLIF, MIF, MMIF / Plasmid: pET11b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2.0 ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54 |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2011 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→15.39 Å / Num. obs: 58450 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→15.1 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.96 / Phase error: 28.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→15.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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