PDB-4grr: characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4grr

タイトル

characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

cytokine / Isomerase / alpha/beta mixture

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / protein homotrimerization / chemoattractant activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Fan, C. / Lolis, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Characterization of N- and C- terminus mutants of human MIF
著者: Fan, C. / Lolis, E.

履歴

登録	2012年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4grr.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4grr.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4grr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4grqC 4grn 4gro 4grp 4gru C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hvt-d 3wns-d 4grn-d 3l5u-d 3ijg-d 4gro-4 4oyq-d 4wr8-3 4z15-d 4wrb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

ヘテロ分子

38.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.546, 95.546, 103.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 12497.211 Da / 分子数: 3 / 変異: Pro1-Ala2 are insertions / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: PEt11b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AVR / (2R)-2-amino-1-[2-(1-methylethyl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl]propan-1-one / (R)-2-amino-1-(2-isopropylpyrazolo[1,5-a]pyridin-3-yl)propan-1-one 分子量: 231.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₃O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M ammmonium sualfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→50 Å / Num. all: 93471 / Num. obs: 93378 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 9174 / R_sym value: 0.538 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: mif

解像度: 1.47→47.773 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	4683	5.02 %
R_work	0.1492	-	-
obs	0.1504	93332	99.87 %
all	-	93471	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7683 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7683 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.5366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→47.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	53	491	3175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	2795
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.779	3827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.76	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.117	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4693-1.486	0.2289	165	0.189	2841	X-RAY DIFFRACTION	98
1.486-1.5034	0.1745	165	0.1772	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5034-1.5218	0.1706	159	0.1676	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5218-1.541	0.18	149	0.1575	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.541-1.5613	0.1857	136	0.1524	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5613-1.5827	0.1619	164	0.1478	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5827-1.6053	0.1872	151	0.1451	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6053-1.6293	0.1434	136	0.1422	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6293-1.6548	0.169	154	0.1441	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6548-1.6819	0.1779	159	0.1446	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6819-1.7109	0.1691	153	0.1423	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7109-1.742	0.167	161	0.1418	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.742-1.7755	0.1898	133	0.1513	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7755-1.8117	0.1792	167	0.1501	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8117-1.8511	0.1669	162	0.1426	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8511-1.8942	0.1433	154	0.1394	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8942-1.9416	0.1796	154	0.1431	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9416-1.9941	0.1848	148	0.1441	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9941-2.0528	0.1662	143	0.1384	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.119	0.1373	145	0.137	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.119-2.1947	0.1531	154	0.132	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1947-2.2826	0.1666	153	0.1415	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2826-2.3865	0.1562	184	0.1433	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3865-2.5123	0.1526	153	0.1542	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5123-2.6697	0.1889	168	0.1603	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6697-2.8758	0.1916	152	0.1613	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8758-3.1652	0.1982	169	0.153	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1652-3.623	0.1593	162	0.1413	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
3.623-4.5641	0.1449	171	0.1331	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5641-47.7982	0.2162	159	0.1791	3159	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3396	0.9885	1.2128	3.366	3.9341	6.9346	-0.066	0.2197	0.0513	-0.2424	0.0006	0.0455	-0.2598	0.0606	0.0433	0.1723	0.0252	-0.0005	0.1608	-0.0199	0.1213	55.0552	-19.5122	12.5783
2	2.3078	-3.6433	-1.0488	5.7554	1.6612	0.4798	-0.0088	-0.0247	0.0912	0.0541	0.0324	-0.351	0.0755	0.1705	-0.0196	0.1489	0.035	-0.0179	0.1502	-0.0132	0.1778	66.3612	-17.5339	25.3092
3	2.5659	0.4777	1.2195	0.6762	1.046	1.7209	-0.0186	-0.2623	-0.0978	-0.0382	-0.0404	-0.0507	0.0153	-0.0898	0.0538	0.1634	0.0585	0.0073	0.1416	-0.0076	0.1432	60.3532	-28.4246	15.4754
4	1.125	0.2401	0.3388	2.7629	1.3435	2.134	0.1001	0.3611	-0.1567	-0.4179	0.0279	-0.2004	-0.0912	0.1607	-0.1264	0.1648	0.0506	-0.0099	0.1667	-0.0358	0.1249	59.0283	-24.5429	8.4077
5	1.8652	0.0783	-1.1139	1.0677	-0.3415	1.5503	0.0524	-0.1326	0.1269	0.1921	0.0125	-0.1915	-0.071	0.1929	-0.0745	0.1713	0.0063	-0.0195	0.124	-0.0294	0.1541	55.5574	-10.442	29.3207
6	0.7448	0.4042	0.8157	0.4063	0.464	1.8193	0.0126	0.0896	-0.1657	0.0038	0.113	-0.0373	0.0043	0.1402	-0.119	0.1265	0.0138	0.0055	0.0997	-0.0286	0.091	49.4165	-21.2542	12.7924
7	4.1908	0.7388	2.0115	1.6993	0.9987	2.6671	0.102	-0.1026	-0.2715	0.1778	-0.0268	-0.0008	0.3207	0.0252	-0.0573	0.1911	0.0234	0.0333	0.1143	0.0015	0.1454	51.3188	-27.8935	21.7864
8	1.1561	0.8782	0.9214	1.5718	1.5578	4.071	0.1212	-0.0677	-0.1358	0.1095	-0.0032	-0.0604	0.1604	0.0231	-0.0575	0.138	0.0124	0.0143	0.0932	-0.0036	0.0846	50.3684	-19.469	24.9245
9	1.4589	-0.0605	-0.3343	1.1116	-0.0382	1.5194	0.0049	0.1762	0.0221	-0.1793	-0.0282	0.0665	0.0224	-0.1338	0.0492	0.1867	0.0263	0.0173	0.1551	-0.0309	0.1229	51.9128	-18.5031	-2.2659
10	1.7479	-0.3557	0.622	1.1466	-0.0489	1.9255	-0.062	0.1726	0.5372	-0.1191	0.001	-0.2981	-0.3398	0.1152	0.0438	0.1998	-0.0057	0.0464	0.1327	-0.0002	0.2007	60.9081	-4.3742	6.2764
11	5.1628	0.6462	1.649	2.9917	0.8586	2.9881	-0.0369	0.5745	0.364	-0.5481	-0.0281	-0.1901	-0.5997	0.3626	0.0471	0.3374	0.0212	0.0871	0.1905	0.0494	0.1941	57.3179	1.2641	-2.4149
12	0.805	0.4944	0.209	1.9221	0.6272	1.7876	-0.0116	0.0191	0.1259	-0.0702	0.0096	-0.245	-0.1574	0.0519	0.0177	0.123	0.002	0.047	0.1365	0.0088	0.0902	59.4669	-7.5579	6.4246
13	2.2025	-0.5296	0.0166	1.2477	0.3097	1.5058	0.0797	0.3162	0.1344	-0.3779	-0.0687	-0.1055	-0.1119	0.0276	-0.0135	0.2505	0.0359	0.025	0.1649	0.0011	0.1509	53.7776	-8.7182	-2.6847
14	1.3966	-0.745	-0.3946	1.5355	0.7553	0.7005	0.0231	0.1426	-0.0399	-0.0967	-0.0636	0.0131	-0.0503	0.0199	0.0359	0.1614	0.0193	-0.0055	0.1159	0.0007	0.0869	49.3732	-7.1953	5.0748
15	4.9574	4.4395	-2.9692	4.8503	-2.8487	2.2816	-0.0942	-0.0293	-0.0976	-0.213	0.0126	-0.0049	0.2077	-0.0181	0.1023	0.0976	0.0006	0.0178	0.043	0.0042	0.0512	46.5951	-7.9473	21.3461
16	1.8932	-0.0661	-2.5754	0.4691	0.9276	4.9995	0.0719	-0.1727	-0.009	0.1327	0.0462	-0.2531	-0.0787	0.4075	-0.0529	0.1748	-0.0243	-0.0161	0.1651	-0.02	0.1822	58.739	4.0433	25.1026
17	3.6417	1.1275	1.7648	1.4323	-0.057	1.3606	-0.2834	-0.0944	0.2207	0.0146	0.1052	0.1162	-0.1568	-0.2387	0.1324	0.1823	0.0003	0.0137	0.108	-0.0185	0.1135	44.4513	-1.3153	29.6306
18	1.9378	0.0784	-0.3997	1.1302	-0.1002	1.4088	0.0036	-0.3037	-0.0561	0.1718	-0.0219	0.1931	0.1667	-0.1095	0.0117	0.1577	-0.0127	0.029	0.1148	-0.0034	0.1323	44.2276	-9.1012	28.5214
19	1.8872	-0.9893	0.8299	2.1802	-0.6596	2.7119	-0.008	0.1072	0.4213	-0.1452	-0.1312	-0.3009	-0.2374	0.2904	0.1012	0.1842	-0.0503	0.0387	0.1462	-0.0074	0.1952	57.6981	4.9817	11.738
20	0.7848	-0.0283	0.1577	1.2532	-0.0423	0.4086	-0.0308	-0.0117	0.0565	-0.0266	-0.0126	0.1309	-0.103	-0.1151	0.032	0.1473	0.0094	0.0017	0.1046	-0.0083	0.1184	40.7849	-0.3076	19.7693
21	1.2013	0.0569	-0.7454	2.8172	-1.1197	1.4654	-0.0074	0.0554	0.2008	-0.129	-0.0116	0.1009	-0.1074	-0.0107	-0.0067	0.1452	0.0116	-0.0003	0.0927	0.0081	0.1207	46.5857	3.369	14.2864
22	1.2795	-0.3677	0.1004	1.7141	-0.1299	1.5061	0.0262	0.0621	-0.1645	0.0153	-0.0312	0.1634	0.2406	0.0391	-0.0027	0.1376	0.0003	0.026	0.096	-0.0027	0.1178	42.2121	-21.7935	22.4113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 19 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 20 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 45 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 59 through 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 71 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 90 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 103 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 19 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 20 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 58 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 59 through 89 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 116 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 9 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 10 through 19 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 20 through 32 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 33 through 44 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 45 through 58 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 59 through 89 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 90 through 102 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 103 through 116 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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