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- PDB-3if1: Crystal structure of 237mAb in complex with a GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3if1
タイトルCrystal structure of 237mAb in complex with a GalNAc
要素(Immunoglobulin ...抗体) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / glycopepitde / antibody (抗体) / Fab / carbohydrate-biding / tumour
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Evans, S.V. / Borisova, S.N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Antibody recognition of a unique tumor-specific glycopeptide antigen.
著者: Brooks, C.L. / Schietinger, A. / Borisova, S.N. / Kufer, P. / Okon, M. / Hirama, T. / Mackenzie, C.R. / Wang, L.X. / Schreiber, H. / Evans, S.V.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: A mutant chaperone converts a wild-type protein into a tumor-specific antigen
著者: Schietinger, A. / Philip, M. / Yoshida, B.A. / Azadi, P. / Liu, H. / Meredith, S.C. / Schreiber, H.
履歴
登録2009年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
B: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
C: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
D: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,89216
ポリマ－94,0014
非ポリマー89112
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
B: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4668
ポリマ－47,0002
非ポリマー4666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
3
C: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
D: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4258
ポリマ－47,0002
非ポリマー4256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.350, 38.420, 95.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Immunoglobulin light chain (IgG2a)


分子量: 23591.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)


分子量: 23409.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス / N-アセチルガラクトサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 433分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5000, ZnCl2, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→19.93 Å / Num. obs: 38606 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 2071
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.39-2.483.340.2713.31265737531.198.5
2.48-2.573.320.2363.61285538311.0198.6
2.57-2.693.330.2014.21274637841.0698.9
2.69-2.833.380.1595.11303438170.9498.9
2.83-3.013.40.1255.91333038650.8799.5
3.01-3.243.480.0957.81367938870.8199.8
3.24-3.573.50.0719.91374238580.7399.5
3.57-4.083.520.05812.41389538760.6999.3
4.08-5.123.520.04615.71406338940.6598.5
5.12-19.933.360.04615.11392640410.6898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIdata processing
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IET

3iet


解像度: 2.39→19.93 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.08 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 1938 5.02 %
Rwork0.224 --
obs0.228 38592 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.114 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.43 Å2 / Biso mean: 31.035 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.331 Å20 Å20.349 Å2
2--1.642 Å20 Å2
3----1.973 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6518 0 40 423 6981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8469104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6832380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.450.3441320.2382529266198
2.45-2.5160.331460.2472579272598
2.516-2.5890.3441340.2522619275399
2.589-2.6730.3361250.2482573269899
2.673-2.7680.3261330.2562588272199
2.768-2.8790.3571390.2412593273299
2.879-3.0090.3031160.2482638275499
3.009-3.1670.2951460.23426142760100
3.167-3.3650.2771440.20726192763100
3.365-3.6230.2561420.1926362778100
3.623-3.9850.2361310.1962638276999
3.985-4.5560.2081290.1732647277699
4.556-5.7170.2631550.1862648280399
5.717-19.9350.2831660.2592733289998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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