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万見
- PDB-3iet: Crystal Structure of 237mAb with antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iet
タイトルCrystal Structure of 237mAb with antigen
要素
  • (Immunoglobulin ...抗体) x 2
  • PodoplaninPDPN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / glycopepitde / antibody (抗体) / Fab / carbohydrate-biding / tumour
機能・相同性
機能・相同性情報


tube morphogenesis / lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / GPVI-mediated activation cascade / leading edge of lamellipodium / visceral serous pericardium development / lymphangiogenesis / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly ...tube morphogenesis / lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / GPVI-mediated activation cascade / leading edge of lamellipodium / visceral serous pericardium development / lymphangiogenesis / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chemokine binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of platelet activation / filopodium membrane / anchoring junction / positive regulation of cell motility / wound healing, spreading of cells / microvillus membrane / lung alveolus development / prostaglandin metabolic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lamellipodium membrane / Rho protein signal transduction / response to hyperoxia / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / lymph node development / regulation of cell adhesion / ruffle / filopodium / cell projection / lung development / 細胞接着 / ruffle membrane / 遊走 / 細胞結合 / lamellipodium / regulation of cell shape / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / membrane => GO:0016020 / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 脂質ラフト / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Podoplanin / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Podoplanin / Podoplanin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Evans, S.V. / Borisova, S.N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Antibody recognition of a unique tumor-specific glycopeptide antigen.
著者: Brooks, C.L. / Schietinger, A. / Borisova, S.N. / Kufer, P. / Okon, M. / Hirama, T. / Mackenzie, C.R. / Wang, L.X. / Schreiber, H. / Evans, S.V.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: A mutant chaperone converts a wild-type protein into a tumor-specific antien
著者: Schietinger, A. / Philip, M. / Yoshida, B.A. / Azadi, P. / Liu, H. / Meredith, S.C. / Schreiber, H.
履歴
登録2009年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
B: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
C: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
D: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
X: Podoplanin
Q: Podoplanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,39612
ポリマ－96,6926
非ポリマー7046
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
B: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4924
ポリマ－47,3622
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
3
C: Immunoglobulin light chain (IgG2a)
D: Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4924
ポリマ－47,3622
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
4
X: Podoplanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2052
ポリマ－9841
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
Q: Podoplanin
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.21 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2052
ポリマ－9841
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)277.910, 38.240, 95.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Immunoglobulin light chain (IgG2a)


分子量: 23823.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Immunoglobulin heavy chain (IgG2a)


分子量: 23538.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 XQ

#3: タンパク質・ペプチド Podoplanin / PDPN


分子量: 984.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdpn, RP23-348F1.2-002 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A8Y5F6, UniProt: Q62011*PLUS
#5: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc / N-アセチルガラクトサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 525分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5000, ZnCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.86 Å / Num. obs: 48616 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.96 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.288.160.3284.899.7
2.28-2.378.210.314.999.7
2.37-2.488.150.2625.699.7
2.48-2.618.050.2186.399.4
2.61-2.777.990.1688.199.1
2.77-2.987.840.11511.198.4
2.98-3.287.750.07914.997.6
3.28-3.767.650.05420.796.1
3.76-4.727.720.04324.695.9
4.72-19.868.040.04225.799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIdata processing
PHENIX1.4_4精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M71

1m71


解像度: 2.2→19.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.88 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 2433 5.03 %
Rwork0.227 --
obs0.2293 48352 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.301 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.633 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.844 Å20 Å2-1.415 Å2
2--7.569 Å2-0 Å2
3----5.725 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6651 0 32 521 7204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1879292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0112440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24490.34181560.26072737X-RAY DIFFRACTION99
2.2449-2.29360.32231190.24672674X-RAY DIFFRACTION100
2.2936-2.34690.3241350.25252745X-RAY DIFFRACTION99
2.3469-2.40550.30051580.24472722X-RAY DIFFRACTION99
2.4055-2.47040.31971520.24362643X-RAY DIFFRACTION99
2.4704-2.54290.35461360.26282779X-RAY DIFFRACTION99
2.5429-2.62480.33251360.25922661X-RAY DIFFRACTION99
2.6248-2.71840.32311600.25912739X-RAY DIFFRACTION99
2.7184-2.8270.31181270.25972647X-RAY DIFFRACTION98
2.827-2.95520.28821430.24362716X-RAY DIFFRACTION98
2.9552-3.11050.25071450.2382662X-RAY DIFFRACTION97
3.1105-3.30450.27661290.21642656X-RAY DIFFRACTION96
3.3045-3.55840.27311370.20682620X-RAY DIFFRACTION95
3.5584-3.9140.22921520.19372613X-RAY DIFFRACTION95
3.914-4.47470.2131320.17422638X-RAY DIFFRACTION95
4.4747-5.61640.20031470.18122778X-RAY DIFFRACTION98
5.6164-19.86440.27591690.25272889X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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