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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ieq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with cytidine | ||||||
要素 | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / NIAID / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011 タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei. 著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J. #1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. 著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ieq.cif.gz | 108.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ieq.ent.gz | 81.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ieq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3f0dC 3f0eSC 3f0gC 3iewC 3ikeC 3ikfC 3jvhC 3k14C 3k2xC 3mbmC 3p0zC 3p10C 3qhdC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Expressed with an N-terminal hexahis tag followed by 3C protease cleavage site 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 270分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: JCSG+ condition A5, 20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium formate, 34.4 mg/mL protein, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.42 Å / Num. all: 60883 / Num. obs: 25206 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.685 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 20.98 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. measured obs: 3839 / Num. unique all: 1783 / Num. unique obs: 1783 / % possible all: 87.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3F0E 解像度: 2.1→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.15 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.853 / SU B: 4.572 / SU ML: 0.124 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / SU Rfree: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.12 Å2 / Biso mean: 22.275 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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