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- PDB-3idy: Crystal structure of HIV-gp120 core in complex with CD4-binding s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3idy
タイトルCrystal structure of HIV-gp120 core in complex with CD4-binding site antibody b13, space group C2221
要素
  • Fab b13 heavy chain
  • Fab b13 light chain
  • HIV-1 HxBc2 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / antibody (抗体) / gp120 (Gp120 (HIV)) / b13 / Envelope glycan protein / CD4-binding site / AIDS (後天性免疫不全症候群) / Apoptosis (アポトーシス) / Cell membrane (細胞膜) / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond (ジスルフィド) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Fusion protein (融合タンパク質) / Host-virus interaction / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral immunoevasion / Virion (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen, L. / Kwon, Y.D. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. ...Chen, L. / Kwon, Y.D. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. / Yang, Z.Y. / Zhang, M.Y. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. / Nabel, G.J. / Posner, M. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structural basis of immune evasion at the site of CD4 attachment on HIV-1 gp120.
著者: Chen, L. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. / Yang, Z.Y. / Zhang, M.Y. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. ...著者: Chen, L. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Wu, X. / O'Dell, S. / Cavacini, L. / Hessell, A.J. / Pancera, M. / Tang, M. / Xu, L. / Yang, Z.Y. / Zhang, M.Y. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. / Nabel, G.J. / Posner, M.R. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 HxBc2 gp120 core
H: Fab b13 heavy chain
L: Fab b13 light chain
A: HIV-1 HxBc2 gp120 core
B: Fab b13 heavy chain
C: Fab b13 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,44435
ポリマ－167,1546
非ポリマー6,29029
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.168, 204.316, 216.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain G and (resseq 83:119 or resseq 205:299 or resseq...
211chain A and (resseq 83:119 or resseq 205:299 or resseq...
112chain H and (resseq 1:101 or resid 110:231 ) and (not element H)
212chain B and (resseq 1:101 or resid 110:231 ) and (not element H)
113chain L and (resseq 1:29 or resseq 31:212 ) and (not element H)
213chain C and (resseq 1:29 or resseq 31:212 ) and (not element H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological assembly is an Antigen-Antibody complex that contains chain G in complex with chain H and L or chain A in complex with chain B and C.

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HBLC

#2: 抗体 Fab b13 heavy chain


分子量: 24810.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1(-) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab b13 light chain


分子量: 23639.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcDNA3.1(-) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 30分子 GA

#1: タンパク質 HIV-1 HxBc2 gp120 core


分子量: 35126.867 Da / 分子数: 2
変異: M95W, T257S, S375W, A443M, W96C, V275C, I109C, Q428C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXBc2 / 遺伝子: env / プラスミド: pcDNA3.1(-) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 153分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8 % PEG 8000, 6.5 % Isopropanol, 200 mM Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 35856 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 34

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IDX

3idx


解像度: 3.2→43.204 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 1778 5.03 %random
Rwork0.1955 ---
obs0.1977 35358 47.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 97.972 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11489 0 397 152 12038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79616518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9114424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511895
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042084
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11G2166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A2166X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
21H1662X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1662X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
31L1630X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1630X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.28660.3897590.28561249X-RAY DIFFRACTION23
3.2866-3.38330.304920.27261815X-RAY DIFFRACTION33
3.3833-3.49240.2931240.24652233X-RAY DIFFRACTION41
3.4924-3.61720.28121350.2252565X-RAY DIFFRACTION47
3.6172-3.76190.27491390.20852732X-RAY DIFFRACTION50
3.7619-3.9330.22641550.19262822X-RAY DIFFRACTION51
3.933-4.14020.2131580.17192795X-RAY DIFFRACTION52
4.1402-4.39940.18141340.16272886X-RAY DIFFRACTION52
4.3994-4.73870.20541530.14682841X-RAY DIFFRACTION52
4.7387-5.21480.20661530.14492875X-RAY DIFFRACTION52
5.2148-5.96780.23261530.16332873X-RAY DIFFRACTION53
5.9678-7.51230.24981450.20382931X-RAY DIFFRACTION53
7.5123-43.20830.23311780.21932963X-RAY DIFFRACTION54
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.96920.1442-0.2274-0.7162-0.29812.9942-0.17950.2881-0.3859-0.0066-0.14390.00430.08730.2210.26810.91860.08630.24811.02940.07941.074675.689849.579121.014
22.11880.8261-0.42741.9199-1.16881.0316-0.0926-0.0682-0.10290.177-0.1099-0.2282-0.07540.51270.22180.8725-0.02130.081.41980.11950.886
34.63111.42920.24555.50352.27170.8216-0.3960.0431-0.2159-0.56920.7279-0.1566-0.14730.4277-0.22840.9543-0.317-0.02320.7283-0.04730.4347
42.71622.4790.17821.8682.92484.760.59930.1321-0.65741.3308-0.239-0.54451.8477-0.4149-0.18261.8282-0.1033-0.00451.3569-0.24161.4177
52.31411.5251-2.57785.29941.94584.3450.09620.3851-0.0223-0.42280.25310.142-0.7959-0.1132-0.27660.967-0.21570.10861.0669-0.13260.7036
61.9310.84620.77541.32860.6493-3.9443-0.06230.2560.2478-1.08960.2814-0.131-0.769-0.2872-0.21632.0558-0.290.35141.5749-0.13410.7969
70.88750.1012-0.02350.3665-1.0583.8151-0.3364-0.3920.099-0.11140.16370.02590.1371-0.46980.17631.07270.08410.00081.256-0.05990.9867
80.7947-0.84110.57462.82521.15331.5285-0.286-0.2104-0.23920.0753-0.00330.3591-0.2524-0.43920.22190.93650.2025-0.02931.3387-0.17441.0494
92.9075-1.07181.42080.75710.0332.2011-0.3186-0.1229-0.74420.59720.1670.0954-0.1569-0.27830.07161.8430.3301-0.49880.9466-0.08141.0413
100.82410.397-0.51493.5896-1.05442.68020.5247-0.19810.65831.8826-0.07871.15060.09780.1868-0.36592.14420.0020.17091.62670.17511.8958
112.2962-1.98010.05354.6677-0.07671.6794-0.2097-0.255-0.10941.14160.2448-0.03180.18250.2369-0.06751.73240.3382-0.22591.278-0.01131.057
122.7367-0.8147-1.8466-0.0148-2.3787-6.09720.5421-0.31150.17452.0983-0.0712-0.1622-1.68360.3284-0.28733.7005-0.11580.23621.71780.05630.8842
精密化 TLSグループSelection details: chain C and resid 110:214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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