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- PDB-3i2z: Structure of cold shock protein E from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2z
タイトルStructure of cold shock protein E from Salmonella typhimurium
要素RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / BETA BARREL (Βバレル) / DNA BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / Cytoplasm (細胞質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 遺伝子発現の調節 / nucleic acid binding / DNA binding / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Morgan, H.P. / McNae, I. / Wear, M.A. / Gallagher, M. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and X-ray structure of cold-shock protein E from Salmonella typhimurium
著者: Morgan, H.P. / Wear, M.A. / McNae, I. / Gallagher, M.P. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription
A: RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3712
ポリマ－15,3712
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6861
ポリマ－7,6861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6861
ポリマ－7,6861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.395, 46.798, 46.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA chaperone, negative regulator of cspA transcription / CSPE / cold shock protein E


分子量: 7685.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: 1344 / 解説: T7 expression - pET vector was used / 遺伝子: cold shock protein E, cspE / プラスミド: pET28a_CspE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7CQZ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 28% PEG 20000, 0.05M AMPSO, 1% glycerol, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.074 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: a double crystal Si(III,)with horizontal saggital focusing system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→45.36 Å / Num. obs: 47339 / % possible obs: 99.82 % / Observed criterion σ(F): 1.1 / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Num. measured all: 260904
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7261 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1MJC; A decapeptide (residues 12-21) from the E. coli cold shock protein A

1mjc


解像度: 1.1→11.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.514 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23424 2532 5.1 %RANDOM
Rwork0.20354 ---
obs0.20506 47339 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0.92 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----2.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→11.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1073 0 0 100 1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.921479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0585140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87625.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.25915185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.446152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3120.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3390.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3840.216
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 196 -
Rwork0.349 3476 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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