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万見
- PDB-2w9y: The structure of the lipid binding protein Ce-FAR-7 from Caenorha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9y
タイトルThe structure of the lipid binding protein Ce-FAR-7 from Caenorhabditis elegans
要素FATTY ACID/RETINOL BINDING PROTEIN PROTEIN 7, ISOFORM A, CONFIRMED BY TRANSCRIPT EVIDENCE
キーワードLIPID TRANSPORT / FATTY ACID AND RETINOID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oleic acid binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1100 / Nematode fatty acid retinoid binding / Nematode fatty acid retinoid binding protein (Gp-FAR-1) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty Acid/Retinol binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jordanova, R. / Groves, M.R. / Tucker, P.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Fatty Acid and Retinoid Binding Proteins Have Distinct Binding Pockets for the Two Types of Cargo
著者: Jordanova, R. / Groves, M.R. / Kostova, E.B. / Woltersdorf, C. / Liebau, E. / Tucker, P.A.
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID/RETINOL BINDING PROTEIN PROTEIN 7, ISOFORM A, CONFIRMED BY TRANSCRIPT EVIDENCE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7353
ポリマ－15,5431
非ポリマー1922
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.850, 41.600, 101.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID/RETINOL BINDING PROTEIN PROTEIN 7, ISOFORM A, CONFIRMED BY TRANSCRIPT EVIDENCE / CE-FAR-7


分子量: 15542.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES GA (N-TERMINUS) ARE FROM THE HIS TAG, C9 IS CSX (CYSTEINE SULFENIC ACID)
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9TZ51
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GA IN THE N-TERMINUS ARE FROM THE HIS TAG, THESE RESIDUES ARE NOT IN Q9TZ51

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: THIS IS THE NATIVE DATASET, USED FOR THE REFINEMENT. THE STRUCTURE WAS SOLVED WITH SESAD FROM THE ADDITIONAL DATASET, GIVEN BELOW.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS PH 7.8-8.5, 2.1-2.9M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID23-210.8726
シンクロトロンESRF ID2920.97926
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2008年6月15日PT COATED MIRRORS IN KB GEOMETRY
ADSC CCD2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87261
20.979261
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 13757 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.13
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→50.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.542 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 42, 43, 44 AND 45 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 690 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 13156 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 10 181 1246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.67621513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7255145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54125.65246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61515211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.735154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6951.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60821143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0993414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.154.5366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 54
Rwork0.226 933
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4756-0.0085-0.21540.33150.24780.3235-0.00480.02950.02920.00460.0070.01280.00330.0124-0.00220.00830.0017-0.00160.01180.0030.0605-0.65122.10217.301
23.93270.58850.07631.43040.89473.5432-0.12370.32190.3098-0.19290.09610.0132-0.30240.09840.02760.0384-0.0196-0.01130.03040.01890.05897.82219.0910.087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION1A57 - 138
3X-RAY DIFFRACTION2A28 - 41
4X-RAY DIFFRACTION2A46 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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