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万見
- PDB-3i2u: Crystal structure of the haiprin ribozyme with a 2',5'-linked sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2u
タイトルCrystal structure of the haiprin ribozyme with a 2',5'-linked substrate and N1-deazaadenosine at position A10
要素
  • 5'-R(*UP*CP*CP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*U)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
  • DNA/RNA (30-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / hairpin ribozyme (ヘアピンリボザイム) / N1-deazaadenosine
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Spitale, R.C. / Krucinska, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Single-atom imino substitutions at A9 and A10 reveal distinct effects on the fold and function of the hairpin ribozyme catalytic core.
著者: Spitale, R.C. / Volpini, R. / Mungillo, M.V. / Krucinska, J. / Cristalli, G. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*U)-3'
B: DNA/RNA (30-MER)
C: 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5316
ポリマ－20,1123
非ポリマー4183
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-0.1 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.120, 94.120, 134.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS THE SAME AS AN ASYMMETRIC UNIT

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*CP*CP*AP*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*U)-3'


分子量: 4358.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence
参照: PDB-3I2Q
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (30-MER)


分子量: 9762.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence
参照: PDB-3I2Q
#3: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA was synthesized by Dharmacon Inc., following the tobacco ringspot virus sequence
参照: PDB-3I2Q
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Well solutions contained 20.5% w/v PEG 2000 MME, 0.10 M Na cacodylate pH 6.5 or 7.0, 0.25 M Li2SO4, 2.5 mM Co(NH3)6Cl3 and 2 mM Spermidine-HCl. Crystals grew as hexagonal rods or plates and ...詳細: Well solutions contained 20.5% w/v PEG 2000 MME, 0.10 M Na cacodylate pH 6.5 or 7.0, 0.25 M Li2SO4, 2.5 mM Co(NH3)6Cl3 and 2 mM Spermidine-HCl. Crystals grew as hexagonal rods or plates and reached a size of 0.3 mm x 0.2 mm x 0.2 mm in approximately 3 weeks, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2000 MME11
2Na cacodylate11
3Li2SO411
4Co(NH3)6Cl311
5Spermidine-HCl11
6PEG 2000 MME12
7Na cacodylate12
8Li2SO412
9Co(NH3)6Cl312
10Spermidine-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日
詳細: Vertical focusing mirror, single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Si(111) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 11339 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.01 % / Biso Wilson estimate: 62.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.49 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1119 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2OUE

2oue


解像度: 2.8→39 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 50352.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 674 7.4 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 9114 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.0957 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.11 Å20 Å20 Å2
2---10.11 Å20 Å2
3---20.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1326 19 0 1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.31
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.676 111 7.5 %
Rwork0.599 1375 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rnaATTprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cobalt.par
X-RAY DIFFRACTION3to
X-RAY DIFFRACTION4to
X-RAY DIFFRACTION5to

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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