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万見
- PDB-3hhd: Structure of the Human Fatty Acid Synthase KS-MAT Didomain as a F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hhd
タイトルStructure of the Human Fatty Acid Synthase KS-MAT Didomain as a Framework for Inhibitor Design.
要素Fatty acid synthase脂肪酸合成酵素
キーワードTransferase (転移酵素) / Hydrolase (加水分解酵素) / FATTY ACID SYNTHASE (脂肪酸合成酵素) / MULTIENZYME / MEGASYNTHASE / FATTY ACID SYNTHESIS (脂肪酸の合成) / Acetylation (アセチル化) / Cytoplasm (細胞質) / Fatty acid biosynthesis (脂肪酸の合成) / Lipid synthesis (脂質代謝) / Lyase (リアーゼ) / Multifunctional enzyme / NAD / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / Phosphopantetheine / Phosphoprotein / Pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity ...fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development / : / グリコーゲン / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / modulation by host of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid synthase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / fatty acid metabolic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / osteoblast differentiation / fatty acid biosynthetic process / メラノソーム / cadherin binding / 炎症 / ゴルジ体 / RNA binding / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1960 / Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain ...Helix Hairpins - #1960 / Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Helix Hairpins / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
脂肪酸合成酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pappenberger, G.M. / Benz, J. / Thoma, R. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the human fatty acid synthase KS-MAT didomain as a framework for inhibitor design.
著者: Pappenberger, G. / Benz, J. / Gsell, B. / Hennig, M. / Ruf, A. / Stihle, M. / Thoma, R. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2009年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase
B: Fatty acid synthase
C: Fatty acid synthase
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,9806
ポリマ－417,9094
非ポリマー712
水32,5711808
1
A: Fatty acid synthase
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,9903
ポリマ－208,9542
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area58750 Å2
手法PISA
2
B: Fatty acid synthase
C: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,9903
ポリマ－208,9542
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area58870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.620, 91.160, 132.110
Angle α, β, γ (deg.)73.84, 86.83, 62.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Fatty acid synthase / 脂肪酸合成酵素 / [Acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3- ...[Acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase


分子量: 104477.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-963 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASN, FAS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.1M NaCl, 12% PEG4000, microbatch under oil, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.64 Å / Num. obs: 182578 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 27.287 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 17566 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.5.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vz9

2vz9


解像度: 2.15→45.64 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: used NCS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 9152 5.01 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1707 182506 97.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.45622659 Å21.76147164 Å26.78035413 Å2
2--3.40841656 Å2-4.11359802 Å2
3---5.04781003 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2192 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26026 0 2 1808 27836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.007266732
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.001360302
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.31851830
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0075952
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01439505
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.4482667320
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0372395
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 1342 4.8 %
Rwork0.1987 26632 -
all0.2004 27974 -
obs--97.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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