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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hb1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ed-eya2 complexed with Alf3 | ||||||
要素 | Eyes absent homolog 2 (Drosophila) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / anatomical structure development / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity ...histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / anatomical structure development / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cell differentiation / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Jung, S.K. / Jeong, D.G. / Ryu, S.E. / Kim, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010 タイトル: Crystal structure of ED-Eya2: insight into dual roles as a protein tyrosine phosphatase and a transcription factor 著者: Jung, S.K. / Jeong, D.G. / Chung, S.J. / Kim, J.H. / Park, B.C. / Tonks, N.K. / Ryu, S.E. / Kim, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hb1.cif.gz | 213.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hb1.ent.gz | 172.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hb1_validation.pdf.gz | 469.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3hb1_full_validation.pdf.gz | 502.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3hb1_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hb1_validation.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/3hb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/3hb1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31068.354 Da / 分子数: 4 / 断片: Eya domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86U84, UniProt: O00167*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-AF3 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.4M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→40 Å / Num. all: 69110 / Num. obs: 68962 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 35.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.51→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.268 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3GEB 解像度: 2.51→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→40 Å
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