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万見
- PDB-3o26: The structure of salutaridine reductase from Papaver somniferum. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o26
タイトルThe structure of salutaridine reductase from Papaver somniferum.
要素Salutaridine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain dehydrogenase/reductases
機能・相同性
機能・相同性情報


salutaridine reductase (NADPH) / salutaridine reductase (NADPH) activity / morphine biosynthetic process / NADP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonyl reductase [NADPH] 1-like / short chain dehydrogenase / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Salutaridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Papaver somniferum (ケシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Higashi, Y. / Kutchen, T.M. / Smith, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The atomic structure of salutaridine reductase from the opium poppy Papaver somniferum.
著者: Higashi, Y. / Kutchan, T.M. / Smith, T.J.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salutaridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8282
ポリマ－34,0831
非ポリマー7451
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.906, 139.906, 100.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Salutaridine reductase


分子量: 34082.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q071N0, salutaridine reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M MES pH 6.0-6.6, 1.9 M ammonium sulfate, 5%(v/v) PEG400, 0.1 M LiCl, 3%(v/v) glycerol. 2uL of 6 mg/ml SeMet SalR in addition of 4 mM NADPH was mixed with 2uL of the reservoir solution, ...詳細: 0.1 M MES pH 6.0-6.6, 1.9 M ammonium sulfate, 5%(v/v) PEG400, 0.1 M LiCl, 3%(v/v) glycerol. 2uL of 6 mg/ml SeMet SalR in addition of 4 mM NADPH was mixed with 2uL of the reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→39 Å / Num. all: 45225 / Num. obs: 40176 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 68

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.6.1_353精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→37.458 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 2017 5.02 %
Rwork0.1926 --
obs0.1934 40173 88.87 %
all-45225 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.279 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6151 Å20 Å20 Å2
2---3.6151 Å2-0 Å2
3---7.2302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→37.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2256 0 48 286 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0773184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.649900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9101-1.97840.21731440.21742907X-RAY DIFFRACTION69
1.9784-2.05760.24241760.20763137X-RAY DIFFRACTION75
2.0576-2.15120.24111850.20293210X-RAY DIFFRACTION76
2.1512-2.26460.23611970.20843815X-RAY DIFFRACTION90
2.2646-2.40650.21962190.19713903X-RAY DIFFRACTION92
2.4065-2.59220.23082100.19333997X-RAY DIFFRACTION94
2.5922-2.8530.19242180.19054105X-RAY DIFFRACTION96
2.853-3.26570.21812150.19754205X-RAY DIFFRACTION98
3.2657-4.11360.18662270.17114314X-RAY DIFFRACTION99
4.1136-37.46480.19412260.1924563X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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